Warum schreibst du, das CGIHTTPServer nicht funktioniert, wenn du den Fehler doch selbst schon auf os.popen3 eingegrenzt hast? Und warum vermutest du einen Bug in einem tausendfach getesteten Modul, statt ihn bei dir selbst zu vermuten?
os.popen3 gibt den Befehl direkt an os.system() und damit an eine Shell weiter. Schon mal versucht, Pfade mit Leerzeichen darin in die MsDOS Eingabeaufforderung ein zu tippen? Klappt auch nicht.
Aaaaaaber du willst eh subprocess verwenden, da:
"Deprecated since version 2.6: All of the popen*() functions are obsolete. Use the subprocess module."