Biopython (Aminosäuren Ladung)

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Baaron
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Biopython (Aminosäuren Ladung)

Beitragvon Baaron » Mittwoch 14. Februar 2007, 10:46

Hallo @all,

ist es möglich mit biopython aus einer aminoseq. zu erkennen welch aminosäuren geladen, ungeladen sind?
gibt es fertige funktionen schon? die man benutzen kann..
BlackJack

Beitragvon BlackJack » Mittwoch 14. Februar 2007, 11:03

Um die Frage beantworten zu können, muss man wahrscheinlich Wissen über die Anwendungsdomäne Bioinformatik mitbringen. Falls sich hier niemand findet, der sich mit Aminosäuresequenzen *und* (Bio)Python auskennt, könntest in der entsprechenden Mailingliste vom Biopython-Projekt nachfragen.
CM
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Beitragvon CM » Mittwoch 14. Februar 2007, 12:34

Hoi und willkommen,

meines Wissens nach gibt es das nicht, aber ich kann mich irren (habe es gerade nicht finden können). Also solltest Du ggf. BlackJacks Rat folgen und auf der Liste fragen.

Allerdings gibt es ohnehin drei Anwendungsfälle (an die ich jetzt gerade gedacht habe):
- Dich könnte die durchschnittliche Ladung bei einem best. pH-Wert interessieren. Lösung: Ein dict Aminosäureschlüssel:Ladung.
- Dich könnte die durchschnittliche Ladung bei allen möglichen pH-Werten interessieren. Lösung: Ein dict mit Aminosäure-pK-Wert und eine Funktion die darauf zurgreift, den aktuellen pH-Wert empfängt und die Ladung errechnet.
- Dich könnte die strukturabhängige Ladung interessieren: Das werden Dir nur gute Molekulardynamikprogramme unter best. Voraussetzungen verraten. (Für das elektrostatische Potential ausgehend von einem PDB-File gibt es Programme wie MEAD, siehe auch hier.)

Gruß,
Christian

PS Interessant für Dich könnte auch noch folgende URL sein, falls Du sie noch nicht kennst:
http://www.scipy.org/Topical_Software#h ... 5c4bc5eebb

edit: Kleine Einschränkung vor die mögl. Anwendungsfälle gesetzt.
Baaron
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Beitragvon Baaron » Mittwoch 14. Februar 2007, 19:38

ja genau ich möchte in Eingabemaske die Sequenz eingeben und den ph Wert und das programm sollte mir einen string liefern, wo es für jede Aminosäure positiv, negativ oder ungeladen steht....z.B als 1,2,0

ist ein etwas größerer projekt, geht also nicht nur um Ladung :)
deshalb verwende ich Java und da dachte ich mir evtl. gibts bei biopython für die Ladung eine fertige funktion. Die wollte ich dann in Java einbinden...

thx..für die links
bei dieser Mail Liste...schreibt man einfach mail und alle können lesen?
also ist mail forum sozusagen..?
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Leonidas
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Beitragvon Leonidas » Mittwoch 14. Februar 2007, 20:41

Baaron hat geschrieben:bei dieser Mail Liste...schreibt man einfach mail und alle können lesen?
also ist mail forum sozusagen..?

Ja, es ist ein großer Mailverteiler - das ist so als hättest du deine Mail an alle geschickt. Und Mailinglisten gab es schon lange bevor es Webforen wie dieses hier gab ;)
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