Gerenuk, wenn es Java sein soll, ist denke ich Jython der beste Weg. Du kannst praktisch jede Java-Klasse und Methode direkt benutzen (auch die dieses CORBA-Dings

. Ja, das Projekt hinkt hinter her und ja, du bist entweder auf die verbliebenden Freizeit-Entwickler von Jython angewiesen oder beteiligst dich selbst an der Entwicklung. Andererseits sind die Vorteile von Python 3.x gegenüber 2.x nicht so groß, dass die Massen wechseln, diese Version also leider in der Praxis bedeutungslos ist (für Anfänger dennoch das bessere Python) und zwischen 2.5 und 2.6 oder 2.7 ist jetzt auch nicht so viel passiert.
Besser unterstützt wird JRuby, da steht EngineYard hinter und Hauptentwickler Headius ist extrem aktiv (gestern twitterte er: "I'm having 8 unrelated conversations at the same time over IM and IRC, eating dinner, releasing "cloby" gem, and watching a movie."). Wenn du was Enterprise-kompatibles sucht, ist es wohl eher JRuby als Jython.
Groovy ginge auch, da steht SpringSource bzw. VMWare hinter. Ist aber - nur so ein Bauchgefühl, weil es schon einige Jahre her ist, dass ich mir das genau angeschaut habe - keine Empfehlung von mir. Dennoch, vielen gefällt's und dank Spring und diesem Roo-Krams definitiv Enterprise-kompatibel.
Von der Idee, über JNI eine in C implementierte Scriptsprache (CPython, aber auch Lua) an Java anzubinden, halte ich auch nicht so viel. Das ist aufgrund der doppelten Garbage Collection IMHO extrem fehleranfällig. Und Geschwindigkeitsrekorde gewinnt JNI auch nicht.
Für einfaches Scripting (gerade mit Sandbox) würde ich JavaScript, genauer Rhino, empfehlen - zumal das in einer leicht abgespeckten Version ja dem JDK 1.6 bereits beiliegt.
Lua gibt es AFAIK nicht in einer JVM-basierten Version. Und statt Scheme (wenn man kein Problem mit Klammern hat (ich mag ja Lisp (habe ich in der Uni gemacht))) würde ich Clojure empfehlen. Jedenfalls, um sich weiter zu bilden. Als Scriptsprache - ich weiß nicht.
Ich habe mich vor einiger Zeit daran versucht, Python-Interpreter in Java zu schreiben. Doch fertig ist da nix, das kann ich daher nur erwähnen um damit etwas anzugeben

Ist aber natürlich auch ein Weg. Parser hat mich zwei Wochen gekostet, der Kern des Laufzeitsystems vielleicht noch mal eine Woche, der Rest wäre Fleißarbeit und einige Dinge (Generatoren etwa) gehen nur schlecht in Java. Ein reiner Interpreter ist allerdings recht langsam. Jython kompiliert den Quelltext in Java-Bytecode. Das ist besser, aber viel aufwendiger. JRuby macht das auch und zieht da alle Register, um tatsächlich schneller als Ruby 1.8 und in etwa genau so schnell zu sein wie Ruby 1.9, welches wiederum etwa so schnell ist wie CPython. Jython ist deutlich langsamer als CPython.
Stefan