stdout und pipe()

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ete
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stdout und pipe()

Beitragvon ete » Freitag 28. März 2008, 12:32

Hallo!

ich bekomme Daten mit einem externen Programm (Emboss über Biopython). Diese möchte ich gerne weiterverarbeiten. Ich kann als Parameter den Output als stdout setzen oder als file speichern. Über File geht alles toll nur ist mir das Öffnen/Schreiben zu langsam.

Nun meine Frage: Wie extrahiere ich die Daten direkt vom stdout? Hier im Forum bin ich auf pipe gestossen aber verstehe nicht richtig, was die Funktion macht und wie ich dies hier einbinden kann:

water.set_parameter("-outfile", "stdout")

Kann mir jemand einen Tip geben?

Liebe Grüsse
Stefanie
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mkesper
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Beitragvon mkesper » Freitag 28. März 2008, 13:01

Ich denke dieses subprocess Beispiel mit pipe sollte dein Freund sein.
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helduel
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Re: stdout und pipe()

Beitragvon helduel » Freitag 28. März 2008, 13:11

ete hat geschrieben:(Emboss über Biopython)


Also ich habe mir gerade Biopython runtergeladen und kurz reingeschaut. Den Umweg über Pipes solltest du gar nicht brauchen, weil du bei der Ausführung einer CommandLine in BioPython ein ApplicationResult-Objekt zurückbekommst und mit diesem hast du Zugriff auf alle Daten.

Gruß,
Manuel

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