Bio Python-> Modul wird nicht gefunden??? Häh??

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acidk
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Donnerstag 2. August 2007, 14:42

Hallo Leute!
Ich versuche seit drei(!!!) Tagen Bio Python 1.43 auf meinem :x Ubuntu Rechner zum laufen zu kriegen.

folgende Paket (auf Empfehlung der Wiki Homepage) sind installiert:
(Alles über Synaptics runtergeladen!)

For Ubuntu Linux, install the following packages to cover these requirements:

* python-egenix-mxtexttools
* python-numeric
* python-dev
* build-essential

versuchter Programmtext (aus dem Biopython Tutorial):

Code: Alles auswählen

from Bio import SeqIO
handle = open("ls_orchid.fasta")
for seq_record in SeqIO.parse(handle, "fasta") :
    print seq_record.id
    print seq_record.seq
    print len(seq_record.seq)
handle.close()
Fehlermeldung:

Code: Alles auswählen

Traceback (most recent call last):
  File "/home/flo/scripte_biopython/test.py", line 3, in <module>
    for seq_record in SeqIO.parse(handle, "fasta") :
AttributeError: 'module' object has no attribute 'parse'
Auf meinem Windows (XP) Rechner läufts.

Wär klasse, wenn mir jemand helfen könnte.

Vielen Dank
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Sr4l
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Donnerstag 2. August 2007, 15:37

Also das Modul ist installiert sonst würde ein 'Import Error' kommen er sagt dir nur das SeqIO kein 'handle' defeniert hat. Ich habe mir kurz den Quelltext angeschaut und dort gibt es im __init__.py in Bio/SeqIO/ die Funktion parse
also fällt mir nichts besseres ein als neu installieren, mit dem Source und nicht mit dem Deb Packet.
BlackJack

Donnerstag 2. August 2007, 16:34

In welchem Tutorial steht das denn so? In dem was bei dem Ubuntu-Paket dabei ist, habe ich das nicht finden können. Dort wird das so gezeigt:

Code: Alles auswählen

>>> from Bio import Fasta
>>> parser = Fasta.RecordParser()
>>> file = open("ls_orchid.fasta")
>>> iterator = Fasta.Iterator(file, parser)
Wahrscheinlich passen bei acidk die Versionen von Tutorial und `biopython` nicht zusammen.
acidk
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Donnerstag 2. August 2007, 17:24

Tutorial ist von der Biopython.org Page! Link:

http://biopython.org/DIST/docs/tutorial ... tml#htoc11
Punkt 2.4.1: Simple Fasta Parsing Example.

Ich hab die aktuelle Version jetzt noch einmal "zu Fuß" runtergeladen und installiert. Scheint zu funktionieren..... mal sehen wie lange! :?

Ich hatte eigentlich immer gedacht gerade mit Linux hier auf der sicheren Seite zu sein - bestärkt meine Liebe zu Linux auch nicht wirklich....
lunar

Donnerstag 2. August 2007, 17:53

acidk hat geschrieben:Ich hab die aktuelle Version jetzt noch einmal "zu Fuß" runtergeladen und installiert. Scheint zu funktionieren..... mal sehen wie lange! :?
Bis zum nächsten Upgrade... APIs ändern sich nun mal von Verison zu Version.
Ich hatte eigentlich immer gedacht gerade mit Linux hier auf der sicheren Seite zu sein
Linux kann für deine falschen Erwartungen nichts: Es ist nun mal Fakt, dass Ubuntu nicht immer auf dem neuesten Stand ist, dafür aber stabil läuft. Für alles andere gibt es Gentoo, Arch und Konsorten.

Das solltest du als Ubuntu-User eigentlich wissen...
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