Problem conda environment, Could not build wheels for dracopy

Wenn du dir nicht sicher bist, in welchem der anderen Foren du die Frage stellen sollst, dann bist du hier im Forum für allgemeine Fragen sicher richtig.
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JoBo
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Hallo zusammen,

ich habe folgendes Problem bei der Erstellung eines Conda Environments:
Ich habe die Aufgabe folgendes Tutorial nachzustellen: https://github.com/AllenInstitute/OFS-EM-Connectomics . Ich habe Windows 11, Anaconda, Python, VC Code und die C++-Expansion alle auf dem neuesten Stand.
Ich navigiere dann in VC Code in den Ordner wo die environment.yml Datei abgelegt ist und erstelle dann das Environment. Da kommt dann der Fehler, dass Dracopy nicht installiert werden kann.

Der Versuch das Ganze händisch in der Umgebung zu installieren pip install dracopyklapt auch nicht, hier mal ein Auszug aus der Fehlermeldung:

Code: Alles auswählen

      -- Generating done (0.4s)
      -- Build files have been written to: C:/Users/johan/AppData/Local/Temp/pip-install-_ixd526g/dracopy_7676215d79914b94b6f60e3ca8e03c6b/_skbuild/win-amd64-3.7/cmake-build
      [1/140] Building CXX object CMakeFiles\draco_attributes.dir\src\draco\attributes\geometry_attribute.cc.obj
      [2/140] Building CXX object CMakeFiles\draco_attributes.dir\src\draco\attributes\attribute_transform.cc.obj
      [3/140] Building CXX object CMakeFiles\draco_attributes.dir\src\draco\attributes\attribute_octahedron_transform.cc.obj
      [4/140] Building CXX object CMakeFiles\draco_attributes.dir\src\draco\attributes\attribute_quantization_transform.cc.obj
      [5/140] Building CXX object CMakeFiles\draco_compression_attributes_dec.dir\src\draco\compression\attributes\sequential_attribute_decoder.cc.obj
      [6/140] Building CXX object CMakeFiles\draco_compression_attributes_dec.dir\src\draco\compression\attributes\attributes_decoder.cc.obj
      [7/140] Building CXX object CMakeFiles\draco_compression_attributes_dec.dir\src\draco\compression\attributes\sequential_quantization_attribute_decoder.cc.obj       
      FAILED: CMakeFiles/draco_compression_attributes_dec.dir/src/draco/compression/attributes/sequential_quantization_attribute_decoder.cc.obj
      C:\PROGRA~2\MICROS~2\2022\BUILDT~1\VC\Tools\MSVC\1444~1.352\bin\Hostx86\x64\cl.exe  /nologo /TP -DDRACO_CMAKE=1 -DDRACO_FLAGS_SRCDIR=\"C:/Users/johan/AppData/Local/Temp/pip-install-_ixd526g/dracopy_7676215d79914b94b6f60e3ca8e03c6b/draco\" -DDRACO_FLAGS_TMPDIR=\"/tmp\" -DNOMINMAX=1 -D_CRT_SECURE_NO_DEPRECATE=1 -IC:\Users\johan\AppData\Local\Temp\pip-install-_ixd526g\dracopy_7676215d79914b94b6f60e3ca8e03c6b\draco -IC:\Users\johan\AppData\Local\Temp\pip-install-_ixd526g\dracopy_7676215d79914b94b6f60e3ca8e03c6b\draco\src -IC:\Users\johan\AppData\Local\Temp\pip-install-_ixd526g\dracopy_7676215d79914b94b6f60e3ca8e03c6b\_skbuild\win-amd64-3.7\cmake-build /DWIN32 /D_WINDOWS /W3 /GR /EHsc /MD /O2 /Ob2 /DNDEBUG /showIncludes /FoCMakeFiles\draco_compression_attributes_dec.dir\src\draco\compression\attributes\sequential_quantization_attribute_decoder.cc.obj /FdCMakeFiles\draco_compression_attributes_dec.dir\ /FS -c C:\Users\johan\AppData\Local\Temp\pip-install-_ixd526g\dracopy_7676215d79914b94b6f60e3ca8e03c6b\draco\src\draco\compression\attributes\sequential_quantization_attribute_decoder.cc   
      C:\Users\johan\AppData\Local\Temp\pip-install-_ixd526g\dracopy_7676215d79914b94b6f60e3ca8e03c6b\draco\src\draco\compression\attributes\sequential_quantization_attribute_decoder.cc : fatal error C1083: Datei (vom Compiler generiert) kann nicht ge”ffnet werden: "": Invalid argument
      [8/140] Building CXX object CMakeFiles\draco_compression_attributes_enc.dir\src\draco\compression\attributes\attributes_encoder.cc.obj
      [9/140] Building CXX object CMakeFiles\draco_compression_attributes_dec.dir\src\draco\compression\attributes\sequential_attribute_decoders_controller.cc.obj        
      [10/140] Building CXX object CMakeFiles\draco_compression_attributes_dec.dir\src\draco\compression\attributes\kd_tree_attributes_decoder.cc.obj
      [11/140] Building CXX object CMakeFiles\draco_attributes.dir\src\draco\attributes\point_attribute.cc.obj
      [12/140] Building CXX object CMakeFiles\draco_compression_attributes_dec.dir\src\draco\compression\attributes\sequential_normal_attribute_decoder.cc.obj
              ********************************************************************************
              Requirements should be satisfied by a PEP 517 installer.
              If you are using pip, you can try `pip install --use-pep517`.
              ********************************************************************************

      !!
        dist.fetch_build_eggs(setup_requires)
      Traceback (most recent call last):
        File "C:\Users\johan\AppData\Local\Temp\pip-build-env-rjahz343\overlay\Lib\site-packages\skbuild\setuptools_wrap.py", line 668, in setup
          cmkr.make(make_args, install_target=cmake_install_target, env=env)
        File "C:\Users\johan\AppData\Local\Temp\pip-build-env-rjahz343\overlay\Lib\site-packages\skbuild\cmaker.py", line 696, in make
          self.make_impl(clargs=clargs, config=config, source_dir=source_dir, install_target=install_target, env=env)
        File "C:\Users\johan\AppData\Local\Temp\pip-build-env-rjahz343\overlay\Lib\site-packages\skbuild\cmaker.py", line 741, in make_impl
          raise SKBuildError(msg)

      An error occurred while building with CMake.
        Command:
          'C:\Users\johan\AppData\Local\Temp\pip-build-env-rjahz343\normal\Lib\site-packages\cmake\data\bin\cmake' --build . --target install --config Release --
        Install target:
          install
        Source directory:
          C:\Users\johan\AppData\Local\Temp\pip-install-_ixd526g\dracopy_7676215d79914b94b6f60e3ca8e03c6b
        Working directory:
          C:\Users\johan\AppData\Local\Temp\pip-install-_ixd526g\dracopy_7676215d79914b94b6f60e3ca8e03c6b\_skbuild\win-amd64-3.7\cmake-build
      Please check the install target is valid and see CMake's output for more information.

      [end of output]

  note: This error originates from a subprocess, and is likely not a problem with pip.
  ERROR: Failed building wheel for dracopy
Failed to build dracopy
ERROR: Could not build wheels for dracopy, which is required to install pyproject.toml-based projects
Ich habe schon alle möglichen Vorschläge von ChatGPT usw genutzt. Ich habe es auch schon über Linux probiert und stoße auf das gleiche Problem. Auch ein komplettes Neuaufsetzen meines Betriebssystems, eine Reinstallation aller Anwendungen und Programme und andere Python Versionen hat nichts gebracht.

Ich habe keinen passenden Post in diesem Forum bisher gefunden, freue mich also über Hinweise und Vorschläge zur Problembehebung von eurer Seite.
Danke im Voraus und liebe Grüße

Johannes
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noisefloor
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Hallo,

also laut Seite bei PyPi https://pypi.org/project/DracoPy/ gibt es fertige Binary Wheels für Win und Linux. Wenn ich bei mir unter Win 11 und Python 3.13 testweise

Code: Alles auswählen

pip3 install dracopy
ausführe, wird auch ein passendes Wheel installiert, ohne das was kompiliert wird. Ob's für Anaconda fertige Binärpakete gibt müsstest du mal prüfen.

Dein Fehler ist ja ein Compilerfehler - der sollte aber gar nicht auftauchen, wenn man nicht explizit das selber kompilieren erzwingt.

Welche Befehle führst du denn genau aus?

Gruß, noisefloor
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__blackjack__
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Das Problem könnte sein, dass die requirements.yml in dem verlinkten Repository Python 3.7.0 als Abhängigkeit hat, und dafür gibt es, zumindest bei PyPI, keine fertigen Wheels mehr für eine so alte Python-Version. Die gehen dort ”nur” bis Python 3.9 zurück.
“Every thinking person fears nuclear war and every technological nation plans for it. Everyone knows
it's madness, and every country has an excuse.” — Carl Sagan, Cosmos, Episode 13: Who Speaks for Earth?
JoBo
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Hallo noisefloor,

danke für deine Antwort!

Ich führe folgende Befehle aus:

1. Navigation in den Ordner wo die environment.yml Datei liegt
2.

Code: Alles auswählen

conda env create -f environment.yml
Dann kommt bei mir die oben beschriebene Fehlermeldung

wenn ich dann

Code: Alles auswählen

conda activate ofs

Code: Alles auswählen

pip install dracopy
eingebe, kommt wieder folgende Fehlermeldung:

Code: Alles auswählen

      !!
        dist.fetch_build_eggs(setup_requires)
      Traceback (most recent call last):
        File "C:\Users\johan\AppData\Local\Temp\pip-build-env-ra0egott\overlay\Lib\site-packages\skbuild\setuptools_wrap.py", line 668, in setup
          cmkr.make(make_args, install_target=cmake_install_target, env=env)
        File "C:\Users\johan\AppData\Local\Temp\pip-build-env-ra0egott\overlay\Lib\site-packages\skbuild\cmaker.py", line 696, in make
          self.make_impl(clargs=clargs, config=config, source_dir=source_dir, install_target=install_target, env=env)
        File "C:\Users\johan\AppData\Local\Temp\pip-build-env-ra0egott\overlay\Lib\site-packages\skbuild\cmaker.py", line 741, in make_impl
          raise SKBuildError(msg)

      An error occurred while building with CMake.
        Command:
          'C:\Users\johan\AppData\Local\Temp\pip-build-env-ra0egott\normal\Lib\site-packages\cmake\data\bin\cmake' --build . --target install --config Release --
        Install target:
          install
        Source directory:
          C:\Users\johan\AppData\Local\Temp\pip-install-jt8uk1zb\dracopy_bea2a644669544af8b60d0e955f850b2
        Working directory:
          C:\Users\johan\AppData\Local\Temp\pip-install-jt8uk1zb\dracopy_bea2a644669544af8b60d0e955f850b2\_skbuild\win-amd64-3.7\cmake-build
      Please check the install target is valid and see CMake's output for more information.

      [end of output]

  note: This error originates from a subprocess, and is likely not a problem with pip.
  ERROR: Failed building wheel for dracopy
Failed to build dracopy
ERROR: Could not build wheels for dracopy, which is required to install pyproject.toml-based projects
Mache ich irgendwo einen Fehler?

Grüße Johannes
JoBo
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__blackjack__ hat geschrieben: Sonntag 28. September 2025, 12:08 Das Problem könnte sein, dass die requirements.yml in dem verlinkten Repository Python 3.7.0 als Abhängigkeit hat, und dafür gibt es, zumindest bei PyPI, keine fertigen Wheels mehr für eine so alte Python-Version. Die gehen dort ”nur” bis Python 3.9 zurück.
Hallo __blackjack__,

danke auch dir für deine Antwort. Ich habe schon versucht, ob es klappt, wenn ich in der environment.yml Datei auf Python 3.9 oder 3.10 ändere, leider kommt die gleiche Fehlermeldung wieder. Eigentlich sollte es ja dann aber klappen, oder?

Gruß Johannes
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noisefloor
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Auf dieser Seite https://pypi.org/project/DracoPy/#files siehst du, welche fertigen Wheels es für welche Architektur gibt. Also ab Python 3.9 sollte das in der Tat funktionieren.

Wenn du in einem venv von Anaconda bist, solltest du besser `conda` zum Installieren von Python-Modulen verwenden.

Gruß, noisefloor
oldboyJR
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Sorry wenn man vc sagt ist dann ist man nicht in Anaconda. In anaconda louncht man jupiter Spider und co. Die vc Geschichte läuft nur; so habe ich das verstanden, in wenn man die Plugins die angeboten werden installiert. Dieses Pliugin für Python sorgen dafür das man Python nicht auf deinem System sondern auf einem Server von Windows mit GIT benutzen kann. Jupiter ist auch eine Webserver Anwendung oder hab ich das in den falschen Hals bekommen?
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__blackjack__
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@oldboyJR: Ja das hast Du in den falschen Hals bekommen. Wie so oft macht der Beitrag so gar keinen Sinn.
“Every thinking person fears nuclear war and every technological nation plans for it. Everyone knows
it's madness, and every country has an excuse.” — Carl Sagan, Cosmos, Episode 13: Who Speaks for Earth?
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ThomasL
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Sorry das ich hier mal so reingrätsche aber wenn ich mir die Beiträge von diesem User so ansehe,
da ergibt nicht einer einen Sinn und ich unterstelle das da jemand seinen selbstgebastelten Chatbot
hier im Forum ausprobiert. imho.
search.php?author_id=31748&sr=posts

Gerne kann mich der User in einem persönlichen Gespräch überzeugen,
dass diese Unterstellung falsch und er ein Mensch ist.
Ich bin Pazifist und greife niemanden an, auch nicht mit Worten.
Für alle meine Code Beispiele gilt: "There is always a better way."
https://projecteuler.net/profile/Brotherluii.png
JoBo
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ThomasL hat geschrieben: Freitag 10. Oktober 2025, 07:53 Sorry das ich hier mal so reingrätsche aber wenn ich mir die Beiträge von diesem User so ansehe,
da ergibt nicht einer einen Sinn und ich unterstelle das da jemand seinen selbstgebastelten Chatbot
hier im Forum ausprobiert. imho.
search.php?author_id=31748&sr=posts

Gerne kann mich der User in einem persönlichen Gespräch überzeugen,
dass diese Unterstellung falsch und er ein Mensch ist.
Hallo ThomasL,
ich bin mir nicht sicher, ob das jetzt auf mich bezogen war, mich gibt es jedenfalls wirklich. Mittlerweile habe ich Kontakt mit dem zuständigen Institut aufgenommen. Man kann jetzt auch anders auf die Daten zugreifen. Ich danke euch trotzdem für eure Hilfe!
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noisefloor
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@JoBo:

Nein, der Post von ThomasL war sicher nicht auf dich bezogen - deine Frage und die Art der Fragestellung ist vollkommen ok. Die Antwort von ThomasL ist auf oldboyJR bezogen. Der müllt - leider - in den letzten Wochen diverse Threads mit ziemlich sinnlosen und in Teilen total falschen Antworten zu, was den Verdacht nahe legt, dass hinter oldboyJR ein unterdurchschnittlich talentierter KI Bot steckt. Und falls es doch eine reale Person ist, dann will diese eher trollen als helfen.

Ergo: Beiträge von oldboyJR einfach ignorieren und wenn du noch Fragen -> hast gerne Fragen :-)

Gruß, noisefloor
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