@DR88: Okay, dann war die Frage nicht präzise genug: Man kann da nichts sagen wenn man nicht weiss wie *genau* das Bild entsteht. Wie gesagt, entweder machst Du irgend etwas falsch oder `matplotlib` hat einen Fehler. Solange Du das Problem nicht so beschreibst das man das so nachvollziehen kann, das man den selben Fehler bekommt, kann man da nicht mehr zu sagen als Du ohnehin schon weisst: irgendwo ist halt was falsch.
Und da ist das mit der Punktwolke eventuell sogar völlig irrelevant, wenn beispielsweise das gleiche Problem bei irgendwelchen Zufallsdaten besteht. Die Frage zielte also eher darauf ab was mit dem `Figure`-Objekt so alles angestellt wird bevor dessen `save_fig()`-Methode aufgerufen wird.
Wirf einfach mal nach und nach alles aus dem Programm raus was keinen Einfluss auf den Fehler hat, und versuche ein minimal lauffähiges Beispiel zu erzeugen das immer noch den Fehler hat, was hier jeder leicht bei sich nachvollziehen kann. Entweder findest Du auf dem Weg zu diesem Beispielprogramm selbst das Problem, oder wir können das auch mal ausprobieren und versuchen das Problem zu finden.
Edit: Nach dem neuen Beitrag vielleicht noch als Zusatz: Wenn Du exotische Versionen von irgend etwas verwendest, ist die Information natürlich auch relevant. Und verringert eventuell die Chancen auf Hilfe falls man sich dafür tatsächlich eine andere/alte Version installieren muss.
Und die Entwickler haben die Funktionalität nicht aus Spass raus genommen, sondern weil die nicht funktioniert hat, und zwar so gar nicht:
https://github.com/matplotlib/matplotlib/issues/1077