Matrix erstellen

[mit]

Hallo,
Ich benötige eine Matrix die wie folgt definiert https://github.com/d3/d3-chord ist:

Computes the chord layout for the specified square matrix of size n×n, where the matrix represents the directed flow amongst a network (a complete digraph) of n nodes. The given matrix must be an array of length n, where each element matrix is an array of n numbers, where each matrix[j] represents the flow from the ith node in the network to the jth node. Each number matrix[j] must be nonnegative, though it can be zero if there is no flow from node i to node j.

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var matrix = [
  [11975,  5871, 8916, 2868],
  [ 1951, 10048, 2060, 6171],
  [ 8010, 16145, 8090, 8045],
  [ 1013,   990,  940, 6907]
];

und grafisch wie folgt aussieht:



Ich habe folgende Eingabedatei:

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tig00007144	chr03	1	5	1	5
tig00026480	chr03	10	15	10	15
tig00003221	chr03	7	9	12	14
tig00010111	chr03	9	12	17	20
tig00000318	chr03	15	20	15	20

Und die Matrix wurde wahrscheinlich wie folgt aussehen:

Die leeren Matrix Felder müssten mit Null gefüllt werden.

Im Moment habe ich diesen Code geschrieben:

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from collections import OrderedDict
import json
import numpy


def create_matrix(filename, assembly_len, reference_len):
    dimension = 0
    if (assembly_len > reference_len) or (assembly_len == reference_len):
        dimension = assembly_len
    else:
        dimension = reference_len

    matrix = numpy.zeros(shape=(dimension,dimension))
    print matrix

    with open(filename) as f:
        for line in f:
            try:
                parts = line.rstrip().split('\t')
                query_name = parts[0]
                subject_name = parts[1]
                query_start = int(parts[2])
                query_end = int(parts[3])
                subject_start = int(parts[4])
                subject_end = int(parts[5])

                query_elements = range(query_start -1, query_end)
                subject_elements = range(subject_start -1, subject_end)

                print query_elements
                print subject_elements

            except ValueError:
                pass

if __name__ == "__main__":
    assembly_len = 20
    reference_len = 30

    create_matrix('blast_test', assembly_len, reference_len)

Wie könnte man am besten die Information aus der oberen Tabelle in die Matrix einfügen?

Vielen Dank im Voraus.

[Sirius3]

@mit: bevor Du nach der besten Lösung fragst, solltest Du Dir erst überlegen, wie man die Matrix irgendwie füllen kann. Wie übersetzen sich `query_start`, `query_end`, `subject_start` und `subject_end` in Zellen?

Für `if`-Abfragen braucht man keine Klammern und das `or` könnte man besser als >= schreiben. In Wirklichkeit hast Du da aber nur die max-Funktion nachprogrammiert. try-Blöcke sollten so kurz wie möglich sein, in welchen Zeilen erwartest Du also einen ValueError? Und sollte man den wirklich ignorieren? Viel wahrscheinlicher ist ein IndexError.