Fasta Einlesen und in txt umwandeln

[valentina]

Hallo nettes Forum,

ich bin ganz neue hier und auch in Python.
Habe ein Problem:ich muss ein fasta format einlesen und in txt umwandeln. Wie kann man in Python ein Format in das andere umwandeln?

[Sirius3]

@valentina: der Wikipedia-Eintrag zu FASTA sagt doch schon "In bioinformatics, FASTA format is a text-based format", also gibts da nichts umzuwandeln, ist schon Text.
Was willst Du machen?

[valentina]

danke für deiene schnelle Meldung:)

du hast recht! ich muss die fasta datei in einer geeigneten datenstruktur umwandeln.
ich dachete das könnte dictionary sein. Wenn ich sowas schreibe:

Code: Alles auswählen

dnafile=open("DNAs.fasta")
dna={}
dna["dnasequence"]=dnafile
print(dna)

wird mir dieser fehler angezeigt:{'dnasequence': <_io.TextIOWrapper name='DNAs.fasta' mode='r' encoding='UTF-8'>}
was soll der den bedeuten?

[Sirius3]

@valentina: das ist kein Fehler, sondern `dnafile` ist ein Fileobjekt, dessen Stringrepräsentation aus dem Klassennamen und den Parametern besteht.

[BlackJack]

@valentina: Das ist kein Fehler sondern wohl anscheinend etwas was Du so nicht erwartet hast. `dnafile` ist ein Datei-Objekt und Dateiobjekte sehen halt als Zeichenkettenrepräsentation so aus. Du müsstest mit dem Dateiobjekt halt irgend eine Operation durchführen die davon unterstützt wird. Zum Beispiel den gesamten Inhalt als ein Objekt lesen, oder eine Liste von Zeilen lesen, oder…

Die Frage ist aber auch was Du denn mit dem Ergebnis anfangen möchtest. Ein Wörterbuch mit nur einem Schlüssel und einem Wert macht irgendwo wenig Sinn.

[EyDu]

Ich werfe einfach mal Biopython in den Raum.