Hallo!
du solltest nicht einfach das mitgelieferte Qt überschreiben, das ist idR keine gute Idee, auch wenn Qt größtenteils backward-compatible ist. Ich habe so doch schon Programme gesehen, die eine maximale Qt Version als Abhängigkeit haben und mit neueren Versionen schlicht den Start verweigern. Vermutlich wollte da jemand sicher gehen.
Vielmehr solltest du also dein händisch installiertes Qt in einem anderen Pfad ablegen, zB /opt oder sogar ~.
Wie du allerdings dies dann genau in eclipse einstellst kann ich dir mangels installiertem eclipse nicht sagen, ich vermute jedoch dass du über Window->Preferences, dort unter dem Punkt Qt, eine entsprechende Option zur Pfad-Änderung findest.
Generell ist es jedoch möglich, einfach das System (temporär) ein anderes Qt nutzen zu lassen, dies geht unter Ubuntu sehr elegant mit update-alternatives, wie genau kannst du am Besten mal hier nachlesen:
http://jpnurmi.kapsi.fi/blog/2008/03/16 ... in-ubuntu/
Sollte keines deiner Programme, die sonst noch Qt nutzen mit deiner selbst-installierten Qt Version Probleme haben, kannst du so auch deine eigene Qt-Version als Standard nutzen und die Ubuntu-Version nur nebenbei behalten. Für den Fall.
Gruß,
Betagan