Problem mit map()

[mit]

Hallo,
leider bekomme ich den folgenden Code nicht zu laufen:

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import math

def lg(a):
  return math.log(a)/math.log(2.0)

if __name__ == "__main__":
  temp = list("AXDA     .255 .245 .245 .255".split())
  s1 = temp[0]
  model1 = temp[1::]

  temp = list("CYEC .225 .275 .275 .225 ".split())
  s2 = temp[0]
  model2 = temp[1::]

  lod = map(lambda x: [lg(model1[x]/model2[x]) ], range(0,4))
  print lod

Beim ausführen bekomme ich diesen Fehler:

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Traceback (most recent call last):
  File "x.py", line 21, in ?
    lod = map(lambda x: [lg(model1[x]/model2[x]) ], range(0,4))
  File "x.py", line 21, in <lambda>
    lod = map(lambda x: [lg(model1[x]/model2[x]) ], range(0,4))
TypeError: unsupported operand type(s) for /: 'str' and 'str'

Was mache ich falsch?

Viele Grüße

[gkuhl]

Hallo, du versuchst hier zwei Strings durcheinander zu dividieren, was eben nicht geht. Du musst deine Strings in Floats umwandeln:

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In [5]: value = '255'

In [6]: type(value)
Out[6]: <type 'str'>

In [7]: value = float(value)

In [8]: type(value)
Out[8]: <type 'float'>

Grüße
Gerrit

[BlackJack]

@mit: *Die* Frage ist doch jetzt nicht wirklich ernst gemeint, oder? Das steht doch da ganz laut und deutlich: Man kann Zeichenketten nicht durcheinander teilen.

Und Du solltest vielleicht mal aufhören Perl Befehl für Befehl 1:1 in Python umsetzen zu wollen und besser das was das Perl-Skript macht in Python schreiben. Hier böte sich statt `map()` zum Beispiel eine "list comprehension" an, und mit `zip()` kann man sich die Indexe sparen.

Ausserdem solltest Du die Dokumentation zu `math.log()` nochmal genauer lesen -- Dein `lg()` lässt sich damit nämlich auch anders bewerkstelligen.

Was denkst Du was der `list()`-Aufruf nach dem `split()`\en der Zeichenketten bewirkt?

[mit]

Das mit float ist dumm gelaufen, ich habe nämlich gedacht, dass es .222 nach dem split ein float sein wird. Dies ist natürlich Unsinn.

Du hast recht, dass Perl Code 1:1 zu kopieren ist keine gute ist und ich mache es nur an den stellen wo ich es nicht weiss wie man es besser mit Python Befehlen machen kann.

Auf zip() wäre ich nicht gekommen, weil es ich es niemals benutzt habe.

[Leonidas]

Du scheint wohl an ganz vielen Stellen nicht zu wissen wie Python geht...

Das lambda sähe eher so aus:

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log = [lg(e1 / e2) for e1, e2 in zip(model1, model2)]

Das ist doch sinnlos:

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temp = list("AXDA     .255 .245 .245 .255".split())

Was ist das Ergebnis von ``.split()``? Ja, eine Liste. Was ist das Ergebnis von ``list(liste)`` - ja, eine Liste, mit den selben inhalt wie die vorherige.

``lg`` geht noch einfacher, weil ``math.log`` einen ``base`` Parameter hat:

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def lg(a):
    return math.log(a, 2)

Oh, es geht noch einfacher:

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from functools import partial
lg = partial(math.log, base=2)

Wobei dann irgendwie ``lg()`` nicht mehr so sinnvoll ist. Ich würde es aber eigentlich dann auch eher ``ld()`` nennen.

[mit]

@Leonidas: Danke für die Lösung, ich muss noch viel über Python lernen.

Leider verstehe ich nicht was dies tut:

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my $score = sum(map($lod[$_], split //,$a));

und habe es leider wieder versucht 1:1 zu kopieren, da ich es leider nicht besser weiss:

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score = sum(map(lambda x:[lod[x]], list(a)))

Aber ich bekomme diese Fehlermeldung "TypeError: list indices must be integers". Wie wandelt man am besten alle Elemente eines Arrays in Interger?

[CM]

Vielleicht magst Du erst einmal das Tutorial lesen? Damit dürften viele Deiner Fragen beantwortet werden.

Schnipsel wie

Code: Alles auswählen

map(int, '1 2 3'.split())

helfen Dir bei Deiner Frage nicht wirklich weiter, ohne, dass Du a) ein bißchen belesener bist und uns b) sagst worum es überhaupt geht, denn ich bin mir fast sicher, dass es einfache und effiziente Lösungen für Dein Problem gibt.

edit: Was ist lod?

Gruß,
Christian

[mit]

Sorry habe vergessen den ganzen code zu posten. Ich glaube ich habe mich falsch ausgedrückt, denn ich war nach der suche, wie man jedes Element eines Arrays in jeweils ein Integer Wert umwandelt, d.h. dass Array genau so viele Elemente beinhaltet wie vorher, aber diesmal vom Typ Integer.

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import string, math

def lg(a):
    return math.log(a, 2)

if __name__ == "__main__":
  temp = list("AXDA     .255 .245 .245 .255".split())
  s1 = temp[0]
  model1 = temp[1::]

  temp = list("CYEC .225 .275 .275 .225 ".split())
  s2 = temp[0]
  model2 = temp[1::]

  lod = = [lg(float(e1) / float(e2)) for e1, e2 in zip(model1, model2)]
  print lod 

  a = 'aagcaaatccgcgataaaattgccttggggcgtataaaagg'
  a = a.translate(string.maketrans('acgtACGT', '01230123'))
  print a
  a = map(int, a.split())
  print a
  score = sum(map(lambda x:[lod[x]], list(a)))
  print score 

Score sollte 1.15346400039175 betragen.

[CM]

19.36...?

Also mal als Hilfe:

- math.log erwartet kein Keyword, also wird aus Leonidas Beispiel:

Code: Alles auswählen

from functools import partial
lg = partial(math.log, 2)

- Was soll das?

Code: Alles auswählen

temp = list("AXDA     .255 .245 .245 .255".split())

.split() macht aus dem String eine Liste. list() anzuwenden ist doppelgemoppelt.
- Wozu die temps? Es geht auch

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dat1 = "AXDA     .255 .245 .245 .255".split()
  s1 = dat1[0]

  dat2 = list("CYEC .225 .275 .275 .225 ".split())
  s2 = dat2[0]

  lod = [lg(float(e1) / float(e2)) for e1, e2 in zip(dat1[1:], dat2[1:])]

wobei sich meinereiner fragt, wozu s1 und s2 gut sind und ob es nicht doch ein wenig deutlicher geht. Aber dazu solltest Du vielleicht erst einmal das Tutorial und insb. den Abschnitt zu Funktionen lesen. Will nicht besserwisserisch sein: Das ist ganz ernst gemeint.
- Das Erstellen und Anwenden der Translationtable würde ich trennen. Und wenn Du ein dezentes .upper() auf Deine Sequenz anwendest, kannst Du auf die Kleinbuchstaben verzichten und dennoch jeden Input verwursten.
- map(int, a.split()) ist - mit Verlaub - Blödsinn. Was ist denn a? Ein String ohne Leerzeichen. Und was macht split() damit?
Was Du willst ist eine Liste von Integern. z. B. so:

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a = [int(x) for x in a]

wobei, ... Na ja, Du liest das Tutorial, oder?
-

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score = sum((lod[x] for x in a))

Kommentar: Das Tutorialkapitel zum Thema dicts ist auch lesenswert . Damit könntest Du Zuordnungstabellen etwas einfacher gestalten.

HTH
Christian

[CM]

Oh, ich sehe gerade Deine score-Angabe: Bist Du Dir sicher?

[Leonidas]

- math.log erwartet kein Keyword, also wird aus Leonidas Beispiel:

Code: Alles auswählen

from functools import partial
lg = partial(math.log, 2)

Dann wird aber ein Schuh draus, da ``partial`` die Parameter von links nach rechts einsetzt, und man damit die partielle Funktion ``math.log(2, [bases])`` bekommt - eher nicht der Logarithmus von 2. Schade, das hätte auch so gut funktionieren können.

Somit muss man das so lösen:

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lg = lambda x: math.log(x, 2)

[CM]

Ups, ich Blindfisch. Tja, dann stimmt auch das Ergebnis ....

Danke!

[mit]

Vielen Dank.