Bio Python-> Modul wird nicht gefunden??? Häh??
Verfasst: Donnerstag 2. August 2007, 14:42
Hallo Leute!
Ich versuche seit drei(!!!) Tagen Bio Python 1.43 auf meinem Ubuntu Rechner zum laufen zu kriegen.
folgende Paket (auf Empfehlung der Wiki Homepage) sind installiert:
(Alles über Synaptics runtergeladen!)
For Ubuntu Linux, install the following packages to cover these requirements:
* python-egenix-mxtexttools
* python-numeric
* python-dev
* build-essential
versuchter Programmtext (aus dem Biopython Tutorial):
Fehlermeldung:
Auf meinem Windows (XP) Rechner läufts.
Wär klasse, wenn mir jemand helfen könnte.
Vielen Dank
Ich versuche seit drei(!!!) Tagen Bio Python 1.43 auf meinem Ubuntu Rechner zum laufen zu kriegen.
folgende Paket (auf Empfehlung der Wiki Homepage) sind installiert:
(Alles über Synaptics runtergeladen!)
For Ubuntu Linux, install the following packages to cover these requirements:
* python-egenix-mxtexttools
* python-numeric
* python-dev
* build-essential
versuchter Programmtext (aus dem Biopython Tutorial):
Code: Alles auswählen
from Bio import SeqIO
handle = open("ls_orchid.fasta")
for seq_record in SeqIO.parse(handle, "fasta") :
print seq_record.id
print seq_record.seq
print len(seq_record.seq)
handle.close()
Code: Alles auswählen
Traceback (most recent call last):
File "/home/flo/scripte_biopython/test.py", line 3, in <module>
for seq_record in SeqIO.parse(handle, "fasta") :
AttributeError: 'module' object has no attribute 'parse'
Wär klasse, wenn mir jemand helfen könnte.
Vielen Dank