Hallo,
Ich soll eine FASTA Datei und eine FASTQ Datei auslesen. Hierbei soll ich bestimmte Fragen beantworten:
1) Mit welchem Befehl kann eine FASTQ-Datei in der Kommandozeile in eine FASTA-Datei umgewandelt werden? Mehrere Antwortmöglichkeiten
Meine Antwort wäre da SED
2) Wie viele Zeilen enthält die FASTQ-Datei?
3) Wie lang ist die längste und kürzeste Sequenz in der FASTA-Datei?
4) Wie viele Sequenzen enthält die FASTQ-Datei?
Könnte mir bitte jemand sagen, wie man das auslesen kann?
Danke!
Datei auslesen
Hallo @Skydiverin,
schön das du deinen Weg ins Pythonforum gefunden hast. Leider ist deine Frage sehr speziell und gehe einfach mal davon aus das die Meisten von uns nicht Wissen, was eine FASTA und FASTQ Datei ist und wie dies Zusammenhängen.
Google sagt das es um die Speicherung der Primärstruktur von Nukleinsäuren, geht und das Format eine Textrepräsentation ist.
Die allgemeine Antwort lautet also, beide Dateiformate genug verstehen, um die Lösung auf deine Fragen stückweise zu erarbeiten. Oder zu hoffen, dass es ein Modul gibt, wo ein anderer schon die Arbeit gemacht hat. ggf. https://biopython.org/wiki/SeqIO
Wahrscheinlich ist es bei solchen fachspezifischen Fragen auch eine Gute Idee ein fachspezifisches Forum aufzusuchen.
schön das du deinen Weg ins Pythonforum gefunden hast. Leider ist deine Frage sehr speziell und gehe einfach mal davon aus das die Meisten von uns nicht Wissen, was eine FASTA und FASTQ Datei ist und wie dies Zusammenhängen.
Google sagt das es um die Speicherung der Primärstruktur von Nukleinsäuren, geht und das Format eine Textrepräsentation ist.
Die allgemeine Antwort lautet also, beide Dateiformate genug verstehen, um die Lösung auf deine Fragen stückweise zu erarbeiten. Oder zu hoffen, dass es ein Modul gibt, wo ein anderer schon die Arbeit gemacht hat. ggf. https://biopython.org/wiki/SeqIO
Wahrscheinlich ist es bei solchen fachspezifischen Fragen auch eine Gute Idee ein fachspezifisches Forum aufzusuchen.