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Also ich habe zweimal fast den gleichen Code. Im ersten wird die funktion mit dem input befehl zu erst aufgerufen, im 2. dannach.
Ich weiß nicht wieso aber beim ersten wird nicht darauf gewartet, dass ein Input kommt.


code 1:
# Beispielaufruf der Funktion(1)
folder_path = r"geheim"
read_nucleid_csv_file(folder_path)

# Beispielaufruf der Funktion(2)
data_2 = print_file_contents()
print_data(data_2)

code 2:
# Beispielaufruf der Funktion (2)
data_2 = print_file_contents()
print_data(data_2)

# Beispielaufruf der Funktion (1)
folder_path = r"geheim"
read_nucleid_csv_file(folder_path)


der input sieht so aus:
def read_nucleid_csv_file(folder_path):
nucleid = input("Bitte geben Sie das Nukleid ein, das Sie öffnen möchten: ")
filename = os.path.join(folder_path, f"{nucleid}.csv")
try: ....

Der Code ist unvollständig, und die Frage unverständlich, um da eine Antwort drauf geben zu können.
Beim ersten Code wird die Funktion read_nucleid_csv_file aufgerufen, die input aufruft, und dann auf eine Eingabe wartet.
Wenn das bei Dir nicht so ist, dann macht Dein Code irgendetwas, das Du hier nicht zeigst.

Ok. Habs schon selber Rausgefunden. Die Lösung ist PyCharm ; )

Die Lösung oder das Problem? Konsolenprogramme sollte man in einer Konsole ausführen und nicht in einer IDE, weil die meisten IDEs eine subtil bis weniger subtil andere Umgebung für das Programm sind, und sich nicht immer 100% so verhalten wie eine ”echte” Konsole/Terminalemulation.