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Hallo zusammen,

ich möchte einen 3D Datensatz in Form einer tiff Datei mit Hilfe von Jupiter Notebook und Ipyvolume visualisieren. Dafür möchte ich meinen Datensatz in ein 3D Numpy array umwandeln. Bisher hat das bei mir nur mit einem 2D Datensatz funktioniert. Dafür habe ich das benutzt:

from PIL import Image
import numpy as np
im = Image.open("dataset2D.tiff")
imarray=np.array(im)

Kann mir jemand helfen wie ich das mit einem 3D Datensatz mache?

Vielen Dank im Voraus!

Wie sieht denn Dein 3D-TIFF aus? Bilder sind normalerweise nur 2D.

Jedes Farbbild ist 3D.
Breite x Höhe x RGB

Ne meine Daten sind dreidimensional, ich habe z quasi als 3. Achse. Sie wurden mit einem Mikroskop in 3D+Zeit aufgenommen.

Ja, aber wie sieht so ein TIFF dazu aus?

in ImageJ wie ein 2D schwarzweiß Bild und mit zwei Leisten kann ich die z und die Zeit Achse verschieben.