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Säulendiagramm aus Panda erstellen

Verfasst: Samstag 20. Juni 2020, 17:38
von pauMö
Hallo,
ich hoffe ich kann mein Problem erklären, da es aus vielen kleineren Teilproblemen besteht :roll:
Die Vorgeschichte:
Es geht um die Analyse von Basensequenzen. Ich habe bereits eine Funktion geschrieben, mit der ich eine Sequenz der Länge n, bestehend aus den Basen A,T,G,C, erstellen kann. Alle Basen haben dabei die gleiche Auftrittswahrscheinlichkeit. Dann habe ich eine zweite Sequenz geschrieben, mit der man bei einer gegebenen Sequenz herausfinden kann, wie die relative Anzahl der einzelnen Basen ist.
Mein endgültiges Ziel ist ein Säulendiagramm zu haben in dem für 5 verschieden lange Sequenzen ( 10^1, 10^2, 10^3, 10^4, 10^5) die jeweiligen relativen Häufigkeiten der einzelnen Basen zu sehen sind. Ich habe mir dann überlegt es über einen Panda DataFrame zu machen. Dann habe ich eine Liste erstellt in die ich eine simulierte Sequenz von jeweils n= 10^1, 10^2, 10^3, 10^4 und 10^5 gespeichert habe. Ich komme jetzt jedoch nicht weiter, wie ich es schaffe genau diese, in der Liste gespeicherten Sequenzen, in meine Funktion zu packen die analysiert, wie häufig jede Base vorhanden ist. Wenn es benötigt wird kann ich auch noch meinen bis jetzt geschriebenen Code hier reinschicken.
Danke schon mal im Voraus für eure Hilfe
Paula

Re: Säulendiagramm aus Panda erstellen

Verfasst: Samstag 20. Juni 2020, 18:43
von __blackjack__
@pauMö: Wenn Du eine Funktion hast die eine Sequenz entgehen nimmt und eine Liste mit mehreren Sequenzen, dann musst Du halt eine Schleife über die Liste mit den Sequenzen schreiben und darin die Funktion mit jeder Sequenz aufrufen. Ich sehe da das konkrete Problem nicht?

Wobei man sich das erstellen der Liste vielleicht schon sparen kann, wenn die Elemente darin letztlich aus den Zahlen 1 bis 5 generiert werden können. Denn das kann man dann ja einfach in einer Schleife über die Zahlen 1 bis 5 (`range()`) machen.

Ich sehe nicht so wirklich wo Pandas hier ins Spiel kommt.