Gotoh Algorithmus - Frage an Bioinformatiker?
Verfasst: Samstag 18. Januar 2020, 11:56
Hallo Leute,
das ist hier wahrscheinlich ein bisschen off-topic, aber vielleicht gibt es ja jemanden der sich auskennt und ein bisschen Licht ins Dunkel bringen kann für mich. Ich versuche den Gotoh-Algorithmus in Python zu implementieren. Ich möchte damit einen Konsens-Sequenz zwischen zwei DNA-Strängen herstellen. Die 3 Matrizen zu befüllen ist noch relativ einfach, aber auch hierzu habe ich schon eine Frage:
Ich habe zwei verschiedene Modelle gefunden, die Rekurrenz-Berechnungen durchzuführen:
http://www.mi.fu-berlin.de/wiki/pub/ABI ... gnment.pdf
und hier:
http://math.mit.edu/classes/18.417/Slides/alignment.pdf
Sind diese beiden Arten der Berechnung equivalent und führen beide zum gleichen Ergebniss?
Ich muss ja dann durch die Matrizen backtracken um das optimale Alignment zu finden und meine Konsens-Sequenz zu erstellen. Ich nehme an, dass das Backtracking unterschiedlich verläuft, je nachdem welche Art der Berechnung man oben angewendet hat? Ich habe diesen Post hier zum Backtracking gelesen: (Antwort von 'seatotternerd')
https://stackoverflow.com/a/18117034/12653234
Die Richtung des Backtrackings ist dort immer abhängig von der Matrix in der man sich gerade befindet. Ich nehme an, dass diese Form das Backtrackings zur ersten Art der Berechnung der Matrix oben gehört? (FU-Berlin)
Dann bin ich auf diese vereinfachte Art der Backtracking-Berechnung gestoßen:
http://florianerhard.github.io/2016/gotoh3
Ich nehme an, dass man diese Art des Backtrackings nur bei der zweiten Art der Matrix-Berechnung anwenden kann? (mit.edu)
Ich würde mich wirklich sehr freuen wenn mir hier jemand etwas Gewissheit verschaffen könnte, vielleicht liest ja ein Bioinformatiker mit, oder jemand der sich schonmal damit auseinandergesetzt hat.
Viele Grüße.
das ist hier wahrscheinlich ein bisschen off-topic, aber vielleicht gibt es ja jemanden der sich auskennt und ein bisschen Licht ins Dunkel bringen kann für mich. Ich versuche den Gotoh-Algorithmus in Python zu implementieren. Ich möchte damit einen Konsens-Sequenz zwischen zwei DNA-Strängen herstellen. Die 3 Matrizen zu befüllen ist noch relativ einfach, aber auch hierzu habe ich schon eine Frage:
Ich habe zwei verschiedene Modelle gefunden, die Rekurrenz-Berechnungen durchzuführen:
http://www.mi.fu-berlin.de/wiki/pub/ABI ... gnment.pdf
und hier:
http://math.mit.edu/classes/18.417/Slides/alignment.pdf
Sind diese beiden Arten der Berechnung equivalent und führen beide zum gleichen Ergebniss?
Ich muss ja dann durch die Matrizen backtracken um das optimale Alignment zu finden und meine Konsens-Sequenz zu erstellen. Ich nehme an, dass das Backtracking unterschiedlich verläuft, je nachdem welche Art der Berechnung man oben angewendet hat? Ich habe diesen Post hier zum Backtracking gelesen: (Antwort von 'seatotternerd')
https://stackoverflow.com/a/18117034/12653234
Die Richtung des Backtrackings ist dort immer abhängig von der Matrix in der man sich gerade befindet. Ich nehme an, dass diese Form das Backtrackings zur ersten Art der Berechnung der Matrix oben gehört? (FU-Berlin)
Dann bin ich auf diese vereinfachte Art der Backtracking-Berechnung gestoßen:
http://florianerhard.github.io/2016/gotoh3
Ich nehme an, dass man diese Art des Backtrackings nur bei der zweiten Art der Matrix-Berechnung anwenden kann? (mit.edu)
Ich würde mich wirklich sehr freuen wenn mir hier jemand etwas Gewissheit verschaffen könnte, vielleicht liest ja ein Bioinformatiker mit, oder jemand der sich schonmal damit auseinandergesetzt hat.
Viele Grüße.