Das deutsche Python-Forum

hallo liebe Leute,

ich hätte eine Frage zu dern hdf5. dateien und zwar:
wenn man gar keine Ahnung hat, was in dem hdf5 File gibt (spricht groups oder datasets) und das erfahren möchte, wie geht das denn ?

Ich bin mir sicher, dass meine Matrix nicht leer ist aber diese Zeilen:

Code: Alles auswählen


Matrix = h5py.File(options.matrixFile, "r")
print(Matrix.values())
print(Matrix.keys())

ergeben
[]
[]

wie kann ich auf den Inhalt der hdf5 datei bitte zugreifen? ich komme einfach nicht weiter .
Danke sehr im Voraus

@Ines: Wenn da keine Inhalte sind können höchstens noch Metadaten im `attrs`-Attribut stecken. Aber ansonsten sieht das leer aus.

Ich arbeite sehr viel mit hdf5.
Von Python aus greife ich mit PyTables auf hdf5 zu, damit würde Dein Code etwa so aussehen:

Code: Alles auswählen

import tables

h5_file = tables.open_file(options.matrixFile)
matrix = h5_file.root

for part in matrix:
    print part

Ines hat geschrieben:Ich bin mir sicher, dass meine Matrix nicht leer ist aber diese Zeilen:
...
ergeben
[]
[]

In solchen Fällen schaue ich mit einem grafischen Tool in die hdf5 Datei rein:
https://support.hdfgroup.org/products/java/hdfview/

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hdf5 Datei manipulieren

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