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spalte1 = row[1]
spalte1= spalte1.replace(Chr(34),"X")
print(spalte2, row[1]) #zum vergleich

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spalte1= spalte1.replace("\p{Pi}","X")
spalte1= spalte1.replace("\"","X")
spalte1= spalte1.replace(""\"","X")

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spalte1= spalte1.replace(Chr(34),"X")

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>>> test = 'this (") is a double'
>>> test.replace('"', 'X')
'this (X) is a double'
>>> test.replace(chr(34), 'X')
'this (X) is a double'
>>> test.replace("\"", 'X')
'this (X) is a double'

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with open(os.path.join(pfad, dateiname), "rb") as f: #öffnet die jeweilige datei
        reader = csv.reader(f, delimiter="\t") #liest die zeilen aus, tabstop getrennt
        next(reader) #überspringt jeweils die erste zeile 
        
        for row in reader:   #schleife für jede zeile
            #if row[58] <> "": # prüft nur ob 58 nicht leer ist. die darf eigentlich nicht leer sein
             #  paperIdOhneWos = row[58].replace ("WOS:", "") #entfernt in Spalten 58 das WOS von der Paper-No und schreibt es in die Var. paperIdOhneWos
              # row.append(paperIdOhneWos) #hängt paperIdOhneWos hinten als Spalte dran
                #print (paperIdOhneWos)
            spalte1 = row[1]
            spalte1= spalte1.replace('\"','x')
            print(spalte1, row[1])
            liste.append(row) #schreibt die zeilen in die liste

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PT	AU	BA
A1	"B1	C1
A2	B2	C2
A3	B3	C3

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A1	"B1	C1
A2	B2	C2
A3	B3	C3"

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row = [cell.replace('"', 'x') for cell in row]

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In [3]: next(r)
Out[3]: ['PT', 'AU', 'BA']

In [4]: next(r)
---------------------------------------------------------------------------
Error                                     Traceback (most recent call last)
<ipython-input-4-0b5056469c9c> in <module>()
----> 1 next(r)

Error: newline inside string

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('B1\tC1\r\nA2\tB2\tC2\r\nA3\tB3\tC3')

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('B1')

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for row in reader:   #schleife für jede zeile
            row = [cell.replace('"', 'x') for cell in row]
            print (row)
            liste.append(row) #schreibt die zeilen in die liste

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A1	"B1	C1
A2	B2	C2
A3	B3	C3"

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# -*- coding: utf-8 -*-
#Das Skript schreibt alle Zeilen aus allen Dateien eines Ordner in eine großes Datei und hängt den Datennamen hinten dran (4 Zellen)
import csv, os, sys, re

pfad = 'C:/Skripttesten/papererweiterung/1/' # relevanter Pfad mit Dateien

liste_dateiname = os.listdir(pfad) # Pfad zu den txt/csv Dateien 'Pfad'
csv.field_size_limit(250000)
liste = [] #erstellt eine leeres Array
gesamte_datei = open('C:/Skripttesten/papererweiterung1/test.csv', "wb")  #öffne die gesamte Datei
for dateiname in liste_dateiname:   # für jedes Element der Variable path 
        
    with open(os.path.join(pfad, dateiname), "rb") as f: #öffnet die jeweilige datei
        reader = csv.reader(f, delimiter="\t") #liest die zeilen aus, tabstop getrennt
        next(reader) #überspringt jeweils die erste zeile 
        
        for row in reader:   #schleife für jede zeile
            #if row[58] <> "": # prüft nur ob 58 nicht leer ist. die darf eigentlich nicht leer sein
             #  paperIdOhneWos = row[58].replace ("WOS:", "") #entfernt in Spalten 58 das WOS von der Paper-No und schreibt es in die Var. paperIdOhneWos
              # row.append(paperIdOhneWos) #hängt paperIdOhneWos hinten als Spalte dran
                #print (paperIdOhneWos)
            #spalte1 = row[1]
            #spalte1= spalte1.replace('\"','x')
            row = [cell.replace('\"', 'x') for cell in row]
            #print(spalte1,row[1])
            liste.append(row) #schreibt die zeilen in die liste

writer = csv.writer(gesamte_datei,  delimiter = "\t")#gibt die liste weiter an die gesamte datei
writer.writerows(liste)#gibt die liste weiter an die gesamte datei
print("Ende - Dateien zusammengefuegt", gesamte_datei.name)

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# -*- coding: utf-8 -*-
#Das Skript schreibt alle Zeilen aus allen Dateien eines Ordner in eine großes Datei und hängt den Datennamen hinten dran (4 Zellen)
import csv
import os
 
pfad = 'C:/Skripttesten/papererweiterung/1/' # relevanter Pfad mit Dateien
csv.field_size_limit(250000)
with open('C:/Skripttesten/papererweiterung1/test.csv', "wb") as gesamte_datei:
    writer = csv.writer(gesamte_datei,  delimiter = "\t")
    for dateiname in os.listdir(pfad):
        with open(os.path.join(pfad, dateiname), "rb") as f:
            reader = csv.reader(f, delimiter="\t", quotechar=None)
            next(reader)
            writer.writerows(
                [cell.replace('"', 'x') for cell in row]
                for row in reader
            )

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"HI testen wir mal heute nachmittag" 

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"H\testen wir mal heute nachmittag" 

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A1      B1\     C1
A2      B2      C2
A3      B3      C3

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A1      B1C1
A2      B2      C2
A3      B3      C3