Das deutsche Python-Forum

Hallo zusammen!

Ich versuche ein Programm zur Analyse von Transkriptomdaten (genannt Spanki) mit Python zum Laufen zu bekommen. Ich habe dazu die setup.py Datei von Spanki im Python Spider geöffnet. Der hat mir dann gesagt dass numpy nciht installiert ist. Das habe ich mittlerweile geschafft:

Code: Alles auswählen

>>> from numpy import *
>>> test ()
Running unit tests for numpy.linalg
NumPy version 1.6.2
NumPy is installed in C:\Python27\lib\site-packages\numpy
Python version 2.7.3 (default, Apr 10 2012, 23:31:26) [MSC v.1500 32 bit (Intel)]
nose version 1.2.1
S.............................................................................................................................<nose.result.TextTestResult run=165 errors=0 failures=0>
.......................................
----------------------------------------------------------------------
Ran 165 tests in 0.281s

OK (SKIP=1)
>>>

Bei erneuten Versuch Spanki zu öffnen zeigt er mir allerdings immernoch die Fehlermeldung an, dass numpy nicht installiert ist.
Was kann ich tun?

Ich bin absoluter Python und Programmierneuling. Ich hoffe ihr könnt mir trotzdm mit einer Ferndiagnose helfe.

Liebe Grüße, Ash

Poste doch mal die Fehlermeldung von diesem Spanki…

Sorry, für die späte Reaktion, war im Urlaub...
Das kommt wenn ich Spanki laufen lassen will:

Code: Alles auswählen

from setuptools import setup, find_packages
from distutils.extension import Extension
try:
    import numpy
except ImportError:
    print "-------------------------------------------------"
    print "Please install numpy"
    print "-------------------------------------------------"

setup(
        name='spanki',
        version='0.2.0',
        #py_modules=['modules/spanki_parse_utils,modules/spanki_utils'],
        packages = ['spanki'],
        package_data={'spanki': ['data/*.txt']},
        include_package_data=True,
   		scripts = ['bin/junccomp','bin/merge_jtabs','bin/spankisim_transcripts','bin/spankijunc','bin/spankisplice','bin/splicecomp','bin/quickjunc','bin/spankisim_models','bin/make_curated_jtab','bin/annotate_junctions'],
        author='David Sturgill',
        description="A splicing analysis toolkit",
        author_email='davidsturgill@niddk.nih.gov',
        url='none',
        install_requires=[
        	"fisher >= 0.1.4",
         	"scipy >= 0.1.10",
        	"scikits.statsmodels >= 0.3.1",
        	"biopython >= 1.50",
        	"pyfasta >= 0.4.4",
        	"argparse >= 1.2.1",
         	"pysam >= 0.5"]
    )
import numpy
spankisim_models -i testdata/example.map -ends 2 -l 76 -o example_model

@Ash: Was bedeutet „das kommt” in diesem Fall? Wird das in einer Konsole oder einem anderen Fenster ausgegeben? Und was heisst „laufen lassen”? Klickst Du irgendwo drauf? Wo? Startest Du etwas in einer Konsole? Was?

Das sieht bis auf die letzten beiden Zeilen nach einer ``setup.py`` aus, also einer Datei mit der man ein Python-Paket installiert. Dieses Programm muss man auf einer Konsole mit den entsprechenden Argumenten aufrufen. Zum Beispiel mit `build` um das Paket zu bauen und `install` (mit den entsprechenden Benutzerrechten) um es zu installieren. Näheres steht in der Python-Dokumentation und in der Dokumentation zu Spanki.

Hallo BlackJack.

Ich habe eine setup.py Datei die ich installieren will. Bisher habe ich mich genau an die Informationen auf der Spanki Seite gehalten, die du auch gelinkt hast.

Ich habe setup.py innerhalb von Spyder versucht zu öffnen. Soweit ich das beurteilen kann nicht innerhalb einer Konsole. Die Informationen die ich eben gepostet hab stehen in dem Fenster links (dem mit den Zeilenangaben).

Die Information dass ich numpy installiert habe stand in der "Console".

Ich bin leider komplett ahnungslos, wie ich das installieren soll. In der Spanki Dokumentation steht

"Install using the python setup script:

Code: Alles auswählen

 sudo python setup.py install

"

Doch egal wo ich das eingebe, kommt immer nur eine Fehlermeldung.

Ash hat geschrieben:
Code: Alles auswählen
 sudo python setup.py install 
"

Doch egal wo ich das eingebe, kommt immer nur eine Fehlermeldung.

Das Kommando schreit danach in der Konsole deines Linux-Systems eingegeben zu werden.

Welche Fehlermeldung bekommst du denn? Bitte kipp nicht einfach als Meldung ein "geht nicht" ab, das ist bei der Problemermittlung wenig hilfreich.

Mein größtes Problem ist glaub ich dass ich mich nicht richtig in der python sprache ausdrücken kann... :/

1. ich hab kein linux. man sagte mir es geht auch mit windows...

Folgendes steht in der Console

Code: Alles auswählen

Python 2.7.3 (default, Apr 10 2012, 23:31:26) [MSC v.1500 32 bit (Intel)] on win32
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.

Imported NumPy 1.6.2, SciPy 0.11.0, Matplotlib 1.1.1 + guidata 1.5.0, guiqwt 2.2.0
Type "scientific" for more details.

dann schreibe ich:

Code: Alles auswählen

>>> sudo python setup.py install

dann gibt die console mir:

Code: Alles auswählen

>>> sudo python setup.py install 
  File "<stdin>", line 1
    sudo python setup.py install 
              ^
SyntaxError: invalid syntax
>>>

@Ash: Das ist kein Python! ``sudo`` ist ein Kommando unter Linux um etwas mit Administrator-Rechten auszuführen. Das müsstest Du in Windows weglassen. Und statt einfach nur ``python`` einzugeben, kann es sein, dass Du unter Windows den kompletten Pfad zur ``python.exe`` mit angeben musst. Eingeben musst Du das in der Konsole, also unter Windows „Eingabeaufforderung”. Vorher mit ``cd`` in das Verzeichnis wechseln in dem die ``setup.py`` liegt. Für die Kommdozeile gibt es diesen kleinen Kurs: The Command Line Crash Course. Der behandelt Linux und Windows parallel.

Tja da kann ich ja lange probieren. Danke, den Kurs werde ich gleich mal durcharbeiten!

Hallo nochmal und danke für den Kurs, der war echt super. Leider bin ich damit und deinen Tipps BlackJack nur soweit gekommen:

Code: Alles auswählen

PS C:\Spanki\spanki.0.4.0.tar\spanki.0.4.0> cd dsturg-Spanki-3164a29
PS C:\Spanki\spanki.0.4.0.tar\spanki.0.4.0\dsturg-Spanki-3164a29> ls


    Verzeichnis: C:\Spanki\spanki.0.4.0.tar\spanki.0.4.0\dsturg-Spanki-3164a29


Mode                LastWriteTime     Length Name
----                -------------     ------ ----
d----        08.01.2013     11:08            bin
d----        08.01.2013     11:08            spanki
d----        08.01.2013     11:08            testdata.tar
-a---        31.10.2012     21:02       4037 analysis_commands.sh
-a---        31.10.2012     21:02      32472 gpl-3.0.txt
-a---        31.10.2012     21:02        718 license.txt
-a---        31.10.2012     21:02       1402 plotting_code.R
-a---        31.10.2012     21:02       2142 README
-a---        14.12.2012     16:17       1236 setup.py
-a---        31.10.2012     21:02       1965 simulation_example.txt


PS C:\Spanki\spanki.0.4.0.tar\spanki.0.4.0\dsturg-Spanki-3164a29> python setup.p
y install
  File "setup.py", line 32
    spankisim_models -i testdata/example.map -ends 2 -l 76 -o example_model
                               ^
SyntaxError: invalid syntax
PS C:\Spanki\spanki.0.4.0.tar\spanki.0.4.0\dsturg-Spanki-3164a29> C:/Python27/py
thon.exe setup.py install
  File "setup.py", line 32
    spankisim_models -i testdata/example.map -ends 2 -l 76 -o example_model
                               ^
SyntaxError: invalid syntax
PS C:\Spanki\spanki.0.4.0.tar\spanki.0.4.0\dsturg-Spanki-3164a29> python.exe set
up.py install
  File "setup.py", line 32
    spankisim_models -i testdata/example.map -ends 2 -l 76 -o example_model
                               ^
SyntaxError: invalid syntax
PS C:\Spanki\spanki.0.4.0.tar\spanki.0.4.0\dsturg-Spanki-3164a29>

Das ganze habe ich jetzt aus der Powershell Console kopiert. Ich habe alles auch in der IPython Qt Console probiert. Mit dem gleichen Ergebnis. Ich habe es auch schon mit dem Befehl "runas" und ohne "install" probiert. Immer das gleiche Ergebnis.

Kann mir jemand weiterhlfen?

Danke, Ash

Ash hat geschrieben:

Code: Alles auswählen

C:\Spanki\spanki.0.4.0.tar\spanki.0.4.0\dsturg-Spanki-3164a29> python setup.py install
  File "setup.py", line 32
    spankisim_models -i testdata/example.map -ends 2 -l 76 -o example_model

SyntaxError: invalid syntax

Die Fehlermeldung ist recht deutlich. Dein Python-Programm setup.py enthält in Zeile 32 etwas, was kein Python ist und eher so aussieht als müsse es außerhalb des Skriptes auf der Konsole ausgeführt werden.

Code: Alles auswählen

spankisim_models -i testdata/example.map -ends 2 -l 76 -o example_model

Hast du diese Zeile bei deinen Experimenten eventuell versehentlich eingefügt?

Ich habe die setup.py innerhalb des spanki-Pakets runtergelden und soviel ich weiß nicht weiter darin herumgefuhrwerkt.

Die testdata zeile habe ich noch nie irgendwo eingetippt. Ich habe ein Testdatenpaket runtergelden und in dem Spanki-Ordner abgespeichert. Allerdings auf oberster Ebene, weit entfernt von der setup.py Datei.

Würde es etwas helfen, wenn ich alles runterschmeiße und nochmal neu installiere?

hilft das vielleicht weiter?:

Code: Alles auswählen

PS C:\Spanki\spanki.0.4.0.tar\spanki.0.4.0\dsturg-Spanki-3164a29> more setup.py
from setuptools import setup, find_packages
from distutils.extension import Extension
try:
    import numpy
except ImportError:
    print "-------------------------------------------------"
    print "Please install numpy"
    print "-------------------------------------------------"

setup(
        name='spanki',
        version='0.2.0',
        #py_modules=['modules/spanki_parse_utils,modules/spanki_utils'],
        packages = ['spanki'],
        package_data={'spanki': ['data/*.txt']},
        include_package_data=True,
                scripts = ['bin/junccomp','bin/merge_jtabs','bin/spankisim_trans
cripts','bin/spankijunc','bin/spankisplice','bin/splicecomp','bin/quickjunc','bi
n/spankisim_models','bin/make_curated_jtab','bin/annotate_junctions'],
        author='David Sturgill',
        description="A splicing analysis toolkit",
        author_email='davidsturgill@niddk.nih.gov',
        url='none',
        install_requires=[
                "fisher >= 0.1.4",
                "scipy >= 0.1.10",
                "scikits.statsmodels >= 0.3.1",
                "biopython >= 1.50",
                "pyfasta >= 0.4.4",
                "argparse >= 1.2.1",
                "pysam >= 0.5"]
    )
import numpy
spankisim_models -i testdata/example.map -ends 2 -l 76 -o example_model

PS C:\Spanki\spanki.0.4.0.tar\spanki.0.4.0\dsturg-Spanki-3164a29>

Also die letzte Zeile ist jedenfalls kein gültiges Python. Ich habe jetzt kein Spanki 0.4.0 gefunden, aber in 0.2.0 ist die Syntax immerhin korrekt.

Meinst du damit, dass ich die falsche Version habe?

Den letzten Post habe ich aus dem powershell kopiert. wenn ich den befehl bei IPython eingebe bekomme ich aber den gleichen Output.

Ash hat geschrieben:Meinst du damit, dass ich die falsche Version habe?

Du hast zumindest eine Datei setup.py die in der letzten Zeile etwas enthält was kein Python-Code ist.

Woher ist die Datei denn eigentlich?

https://github.com/dsturg/Spanki/downloads

Ash hat geschrieben:https://github.com/dsturg/Spanki/downloads

Die setup.py in Version 0.4 hat diese Zeile am Ende nicht. Auch die vorletzte überflüssige Zeile mit dem Text import numpy ist darin nicht vorhanden.

hab ich auch gerade gemerkt, hab alles nochmal runtergeladen.

Installieren kann ich es leider immernoch nicht:

Code: Alles auswählen

python setup.py install
  File "<ipython-input-8-80f95f32929a>", line 1
    python setup.py install
               ^
SyntaxError: invalid syntax


python.exe setup.py install
  File "<ipython-input-9-d1da0d9e02b9>", line 1
    python.exe setup.py install
                   ^
SyntaxError: invalid syntax


setup.py install
  File "<ipython-input-10-0964efb811bd>", line 1
    setup.py install
                   ^
SyntaxError: invalid syntax

Du muss den Befehl auf der Kommandozeile abgeben, nicht im Pythoninterpreter.

du kriegst ne kiste sekt von mir! danke

danke euch allen für die hilfe

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