Das deutsche Python-Forum

Hallo!

Ich habe folgendes Problem. Mit Biopython möchte ich eine Baum-Struktur einlesen (Stammbaum). Der Baum wird, wenn man sich an die Biopython-Doku hält, als <class 'Bio.Phylo.Newick.Tree'> verfügbar gemacht. Das Problem ist nun, dass man davon keine unabhängige Kopie machen kann (#2). In #3 verändere ich den Baum; leider ist davon auch das Backup (#4) betroffen. Ich habe in #2 also nur so was wie einen Zeiger erzeugt und keine unabhänige Kopie. Weiß jemand Rat?

Danke!

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    from Bio import Phylo
    import sys
    
    #1 read tree with BioPython
    tree = Phylo.read(sys.argv[1], 'newick')    #<class 'Bio.Phylo.Newick.Tree'>
    
    #2 copy?
    backup = tree
    
    #3 modifications
    for clade in tree.find_clades():
        clade.name = "fubar"
    
    #4 problem: backup is fubar
    for clade in backup.find_clades():
        print clade.name              #'fubar'

@RedSharky: Falls der Datentyp keine Methode zum kopieren anbietet kann man `copy.deepcopy()` versuchen. Oder Du liest die Daten zweimal ein.

Eine einfache Zuweisung erstellt in Python keine Kopie, sondern bindet nur das *selbe* Objekt an einen anderen/weiteren Namen.

Danke für die schnelle Hilfe!

Mit copy.deepcopy() funktioniert es!!

Hmm, dieses Problem ist mir nie aufgefallen. Wahrscheinlich weil ich nur mir 'einfachen' Datenstrukturen arbeite, und das dort anders ist...

Wenn du mit "einfache" Datenstrukturen unveraenderliche wie Tupel, int, float, str oder unicode meinst: Dann ja.
Wenn du auch Listen dazuzaehlst ...

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In [1]: a = range(5)

In [2]: b = a

In [3]: b[1] = 42

In [4]: a, b
Out[4]: ([0, 42, 2, 3, 4], [0, 42, 2, 3, 4])

In [5]: a != b
Out[5]: False

Die Semantik ist _immer_ diesselbe, nur immutables verhalten sich scheinbar anders. Das liegt aber nicht an einer anderen Semantik, sondern schlicht daran, dass es nicht auffaellt, weil man sie nicht veraendern kann.

Danke!

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Biopython: Echte Kopie erwünscht

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