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qsub - jobs durch python starten?

Verfasst: Dienstag 20. Juli 2010, 08:49
von CM
Hallo,

kennt sich von euch jemand mit torque aus?

Mein Ziel ist es von Pythonskripten aus qsub aufzurufen und ich finde os.system oder subprocess calls a la "echo `binary executable args` | qsub [lots of options]" nicht wirklich befriedigend, weil a) umständlich und damit b) schwer zu warten. Ich habe schon rel. lange gesucht, aber keine besseren Möglichkeiten gefunden.

Hat jemand von euch Tipps oder Links zum Thema "qsub und python", die gut sind?

Besten Gruß,
Christian

Re: qsub - jobs durch python starten?

Verfasst: Dienstag 20. Juli 2010, 10:28
von Trichter
Ich kenne mich leider nicht mit torque aus.
Wir nutzen hier die Sun Grid Engine oder NQS.
Wenn ich Jobs mittels Python erzeugen will schreibt mir mein python-Script die ganzen qsub Befehle in ein shell-Skript, welches dann vom python-Skript ausgeführt wird. So habe ich die ganzen qsub Kommandos in einer Datei schön vereint. Die Überwachung der Jobs übernimmt dann ein Skript, welches immer mal den qstat Befehl aufruft und die Rückgabe auswertet.
Zugegeben ziemlich umständlich, aber naja. Es funktioniert.

Re: qsub - jobs durch python starten?

Verfasst: Dienstag 20. Juli 2010, 10:45
von CM
Danke. Ja, das ist eine Alternative. Doch wie Du selbst sagst ...
Trichter hat geschrieben:Zugegeben ziemlich umständlich, aber naja. Es funktioniert.
... schön ist sie nicht.

Bleibe vielleicht bei dem was ich habe - das ist zumindest mit erträglichem Aufwand zu erweiteren und kommt ohne temp-Files aus.

Gruß,
Christian