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DendroPy

Verfasst: Sonntag 21. Februar 2010, 19:17
von Chibi
Hallo,


ich schau mir gerade das Package: DendroPy an.
Dazu muss ich sagen, dass ich mich noch gar nicht mit OOP bei Python beschäftigt habe.

http://packages.python.org/DendroPy/tutorial/index.html

Ich habe es auch schon hinbekommen, meinen Baum als Newick-Format einzulesen.

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import dendropy
t1 = dendropy.Tree.get_from_path('outtree', schema='newick')

Es gibt nun für den Baum mehrere Klassen, auf die man zugreifen kann.
Ich würde sehr gerne den Befehl: get_adjacent_edges benutzen:

http://packages.python.org/DendroPy/lib ... cent_edges

weiß jemand, wie ich den anwenden kann? Ich bekomms einfach nicht hin und wäre für jeden Hinweis dankbar.

Verfasst: Montag 22. Februar 2010, 14:29
von mkesper
Versuch mal

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t1.get_adjacent_edges()