Das deutsche Python-Forum

Hallo zusammen

Ich versuche mit Python R zu starten (R ist eine Statistiksoftware) und dann in R RMSD zu berechnen.

RMSD würde ich gerne von R wieder an Python zurückschicken. Bis jetzt kann ich mir das nur so denken: R schreibt RMSD in ein File und pyhton liest dieses File und löscht es anschliessend.

Kann man das auch direkt machen?

Es gibt mit RPy eine Brücke zwischen R und Python.

Alldieweil, wenn wir unter RMSD dasselbe verstehen, würde ich gleich in Python bleiben und mit numpy arbeiten. Das ist einfach und schnell. Und wenn es sich bei dem Problem um Proteinstrukturen handelt ist biopython, pymol oder (Vorsicht: Schleichwerbung) YASARA zu empfehlen - alle in Python geschrieben bzw. mit Python-Interface (biopython ist eine library zum eigenen Skripting).
HTH,
Christian

danke vielmals, das wird sicher hilfreich.