(geloest) Fehlermeldung in os.py "Invalid syntax"

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CM
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Beitragvon CM » Freitag 15. August 2008, 11:34

Schön, aber das stimmt nicht:
cptnofuture hat geschrieben:Einzig was mir fehlt ist, dass man kein Output directory mehr angeben kann, anscheinend hat das niemand ausser mir fuer nuetzlich empfunden. Naja, jetzt muss ich nach dem modelln halt aufraeumen...

Du kannst in Deinem Pythonskript natürlich einen Ausgabepfad spezifizieren: Entweder wechselst Du im Skript mehrfach das cwd oder Du kopierst bereits im Skript Deine Dateien in den Zielordner. Besser ist die erste Variante oder gleich das Skript im Zielordner zu starten. Und ja, das fehlt irgendwie doch in MODELLER ;-)

Anmerkungen:
- Bloß nicht die Beispiele 1:1 übernehmen. Jeder Fall liegt anders. Um optimale Ergebnisse zu erzielen, mußt Du die Anleitung durchlesen.
- Nicht nur ein paar Modelle kreieren. Besser ist es viele zu kreiren und zu schauen, was am besten ist.
- Insb. beim Loopmodelling kann MODELLER Probleme mit der Topologie des Backbones haben.

Gruß,
Christian
cptnofuture
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Beitragvon cptnofuture » Freitag 15. August 2008, 11:43

Moin!

Joa, mit aufraeumen meinte ich, ich lasse das Skript fuer mich aufraeumen :wink: man ist ja doch faul...

zu den Anmerkungen:
- Hab mich natuerlich nur grob an den Beispielen orientiert und an meine Beduerfnisse angepasst

- Im Moment mach ich mir 100 Modelle (so als default) und berechne mir ne Durchschnittsstruktur... ob das wirklich das ist, was ich spaeter brauche weiss ich noch nicht, bin grade erst am Anfang meiner Arbeit damit. Aber ich hielt es fuer eine gute Idee...

Gruss,
cpt
CM
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Beitragvon CM » Freitag 15. August 2008, 12:14

Wie berechnet man denn eine "Durchschnittsstruktur"?
Einfach das arithmetische Mittel der Koordinaten ist keine gute Idee, weil:
    - in das Mittel "falsche" Strukturen eingehen können. Dann hast Du am Ende ein wunderschönes Mittel, dem Du das nicht mehr ansiehst.
    - Was erzählt Dir ein Mittelwert?
    - Die Standardabweichung wäre nicht proportional dem RMSD!

Denke es ist besser das "beste" Modell - zum Beispiel über den DOPE-Score und visuelle Abschätzung - zu nehmen und ggf. eine kurze MD-Simulation zur Energieminimierung zu machen. Aber auch hierbei vorsicht: Bei sehr großer Ähnlichkeit zu den Templates, machst Du Dein Ergebnis eher schlechter als besser.

Gruß,
Christian - der denkt, dass es jetzt wirklich eher was für die Mailingliste wäre ...

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