Sorry,
also das was nach >Ory_cbl5_fasta wäre dann Datei Ory_cbl5.fasta in meinem Bsp.
alles was nach >Ory_cbl5_xdom steht wäre Datei Ory_cbl5._0.1.pfam.10.xdom
mit den anderen beiden Bsp genauso.
in meinem Code funktioniert es bis jetzt so.
Die zb Sequenz aus Ory_cbl5.fasta wird eingelesen und als 'seq' abgespeichert.
Durch splitten des namens wird die dazugehörige xdom-Datei im Ordner gesucht.
Anschließend wird Ory_cbl5._0.1.pfam.10.xdom geöffnet und Zeile für Zeile gesplittet(man erhätl start,end und name) und die Sequenz für die jeweilige Zeile in ein output file namens Ory_cbl5._0.1.pfam.10.xdom._0.1.pfam.10.fa abgespeichert.
Nun bin ich so weit,dass auch die jeweiligen Sequenzteile(dh wenn in xdom 3 zeilen sind mit start,end und name) in das zugehörige outputfile geschrieben wird.
Jedoch, wie schon gesagt ändert er die Sequenz bzw das fasta file nicht, um dann das dazugehörige xdom file zu öffnen.
dh er öffnet und merkt sich die Sequenz für Ory_cbl5.fasta, aber sucht die zugehörigen start und ends für alle xdom-files (hier Pop_cbl10._0.1.pfam.10.xdom._0.1.pfam.10.xdom, und Ory_cbl5._0.1.pfam.10.xdom._0.1.pfam.10.xdom)
Aber es müßte ja so funktionieren, daß für Pop...xdom auch nur die Pop...fasta verwendet wird und deren resultierenden Sequenz.
War das besser verständlich? Sorry, geb mir Mühe es nicht allzu verwirrend zu beschreiben
Martina