Vielleicht kennt sich ja jemand mit Biopython aus...
Ich habs wie in der Doku installiert und nach Eingabe von blastall oder formatdb in der Eingabeaufforderung bekomm ich auch die Parameter angezeigt. Kann ich davon ausgehen, dass es richtig installiert ist?
Dann wollte ich ein fasta File in eine formatdb umwandeln (formatdb -p F -i all_seqs.fasta -n customBLASTdb), er tut auch irgendwas aber ich bekomme weder Output Files noch eine Fehlermeldung. Mir hat dann schnell ein Kollege unter Unix meine Datenbank erstellt, damit ich weiter probieren konnte.
Jetzt wollt ich gegen diese Datenbank blasten (wie in der Doku beschrieben):
Code: Alles auswählen
from Bio.Blast import NCBIStandalone
my_blast_db = "C:\\primerdb"
my_blast_file = "test.fasta"
my_blast_exe = "C:\\blast-2.2.15\\bin\\blastall"
result_handle, error_info = NCBIStandalone.blastall(my_blast_exe, "blastn",
my_blast_db, my_blast_file)
Traceback (most recent call last):
File "C:/Dokumente und Einstellungen/lueck.IPK-GATERSLEBEN/Desktop/blast.py", line 8, in <module>
my_blast_db, my_blast_file)
File "C:\Python25\Lib\site-packages\Bio\Blast\NCBIStandalone.py", line 1499, in blastall
raise ValueError, "blastall does not exist at %s" % blastcmd
ValueError: blastall does not exist at C:\blast-2.2.15\bin\blastall
...obwohl sich blastall unter dem Pfad befindet.
Meine Frage:
hat jemand formatdb und blastall unter Windows zum Laufen bekommen?
Wenn ja, wie?
Stefanie