Ich versuche seit drei(!!!) Tagen Bio Python 1.43 auf meinem Ubuntu Rechner zum laufen zu kriegen.
folgende Paket (auf Empfehlung der Wiki Homepage) sind installiert:
(Alles über Synaptics runtergeladen!)
For Ubuntu Linux, install the following packages to cover these requirements:
* python-egenix-mxtexttools
* python-numeric
* python-dev
* build-essential
versuchter Programmtext (aus dem Biopython Tutorial):
Code: Alles auswählen
from Bio import SeqIO
handle = open("ls_orchid.fasta")
for seq_record in SeqIO.parse(handle, "fasta") :
print seq_record.id
print seq_record.seq
print len(seq_record.seq)
handle.close()
Code: Alles auswählen
Traceback (most recent call last):
File "/home/flo/scripte_biopython/test.py", line 3, in <module>
for seq_record in SeqIO.parse(handle, "fasta") :
AttributeError: 'module' object has no attribute 'parse'
Wär klasse, wenn mir jemand helfen könnte.
Vielen Dank