dictionary

[silky vanilla]

Ich habe eine Datei(mit jeder Menge Daten) die aus Spalten besteht, die durch Tabulatoren getrennt sind.
Insgesamt besitz sie 8 Spalten. Ich moechta allerdings nur mit Spalte 2 und 3 weiterarbeiten und diese in ein Dictionary ueberfuehren, dabei soll Spalte 2 der value sein und Spalte 3 der key.

Wie kann ich das am besten umsetzen?

Hier schon mal ein kleiner Anfang von mir, nun haenge ich aber fest.

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 inp = open ("RefSeq2Entrez.HS.txt","r")      # Datei zum Lesen oeffnen
outp = open ("RefSeq2Entrez.HS.neu.txt","w") # neue Datei zum Schreiben oeffnen (fuer Kopie)[/img]
for line in inp.readlines():                 # erzeugt Liste von Zeilen

[Rebecca]

Ein Tipp: line.split("\t")

Ein anderer Tipp: http://docs.python.org/lib/module-csv.html

[EyDu]

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line.split("\t")

sollte dir weiterhelfen.

Ein Dictionary erzeugst du mit:

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d = dict()

Einfuegen in ein Dictionary geht über:

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d[key] = value

Und so kannst du auf den Index einer Liste zugreifen:

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list = [0,1,2]
list[0] #=>0
list[1] #=>1

Das sollte alles sein, was du benötigst.

[silky vanilla]

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line.split()

ok, aber wie lege ich dann feste wo ich genau aufteile?

[BlackJack]

Die Methode nimmt ein Argument entgegen. Wurde von Rebecca und EyDu aber schon gezeigt.

[silky vanilla]

ich hab jetz daran weiter gearbeitet. da kommt jetzt eine Fehlermeldung: Token Error: EOF in multi-line statement??

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inp = open ("RefSeq2Entrez.HS.txt","r")      # Datei zum Lesen oeffnen
outp = open ("RefSeq2Entrez.HS.neu.txt","w") # neue Datei zum Schreiben oeffnen(fuer Kopie)

header = inp.readline().strip('\n\r')
header = [col.upper() for col in header.split('\t')]
out.write(header[1]+'\t'+header[2]
          
for line in inp.readlines():                 # erzeugt Liste von Zeilen
   data = line.split ('\t')                  # Datei aufteilen nach Tabulator
   Gene = data [0]                           
   ID = data [1]
   new_data = [Gene,ID]
   out.write(new_data)

[N317V]

Du hast beim Schreiben der header beim out.write die schließende Klammer vergessen.

edit: Nachdem Dein Code jetzt in Python-Tags steht, wäre das Zeile 6