Daten aus Text Datei extrahieren

[MarionF]

Hallo beisammen,

ich wollte euch mal um was bitten:
ich schreibe gerade an meiner Diplomarbeit und habe da einige Messdateien (ANSI-Text) aus denen ich immer per Hand die relevanten Daten rauskopieren muss. Das ist total lästig und ich dachte mir da könnte man sich sicher mit einem kleinen Programm eine Menge Arbeit ersparen. Leider kann ich kein bisschen Programmieren.
Aber vielleicht erbarmt sich ja jemand von euch ?

Folgendes sollte das Programm machen:

es soll mich nach der quell datei fragen -->
in der quelldatei nach den Zeilen mit folgendem Inhalt suchen

Code: Alles auswählen

			BEGIN Correlation0 10001

" (mit drei Tabs am Anfang)
ab der dritten Zeile darunter stehen jeweils die relevanten daten. Die schauen etwa so aus:
4 tabs und dann ein x und ein y wert:

Code: Alles auswählen

				92.160 	1.0073835 	
				102.400 	1.0082036

der bereich erstreck sich etwa über 200 zeilen danach kommt eine Zeile in der steht:

Code: Alles auswählen

				BEGIN FitParameters 10000

zusammenfassend schaut solch eine datei folgendermaßen aus:

Code: Alles auswählen

mehrere zeilen bla bla 
			BEGIN Correlation0 10001
			bla
			bla
				92.160 	1.0073835 	
				102.400 	1.0082036 
				...
				922746.880 	0.9973871 	
				1006632.960 	0.9954883 	
				...	
				1342177.280 	0.9933255 
				BEGIN FitParameters 10001
viele zeilen bla bla 
			BEGIN Correlation0 10001
			bla
			bla
				92.160 	1.0073835 	
				102.400 	1.0082036 
				...
				922746.880 	0.9973871 	
				1006632.960 	0.9954883 	
				...	
				1342177.280 	0.9933255 
				BEGIN FitParameters 10001
viele zeilen bla bla 
			BEGIN Correlation0 10001
			bla
			bla
				92.160 	1.0073835 	
				102.400 	1.0082036 
				...
				922746.880 	0.9973871 	
				1006632.960 	0.9954883 	
				...	
				1342177.280 	0.9933255 
				BEGIN FitParameters 10001
and so on

Es kann bis zu 200 solcher Blöcke geben. Meistens sind es aber nur 10 bis 20.

die x werte sind immer die gleichen.
interessant für mich wäre es alle dieser messblöcke in eine text datei zu speichern nach folgendem muster:

Spalete-für-x-Werte; Spalte-für-y-Werte-aus-Block1; Spalte-für-y-Werte-aus-Block2; and so on

Wie mach ich denn sowas?

Danke für eure Hilfe
Liebe Grüße
Marion

[Hyperion]

Gibt es denn solche "xy"-Passagen noch öfter in der Datei? Oder nur in diesem Block? Wenn letzteres zutrifft, dann wird die Parserei nämlich viel einfacher, da man nur nach dem Muster "float whitespace float" suchen muss.

[BlackJack]

@MarionF: Falls sich die Arbeit hier niemand aus Spass an der Freude macht, bleibt wohl nur programmieren lernen, oder jemanden dafür bezahlen.

[MarionF]

@Hyperion
ja solche Passagen gib es viele
normalerweise mindestens 10 Stück die jeweils eine einzelne Messung repräsentieren.
Jede der Passagen beginnt immer mit

Code: Alles auswählen

BEGIN Correlation0 10001

@BlackJack
Lernen ist in der Kürze der Zeit vermutlich nicht machbar (wäre ich sonst schon bereit dazu) und mit bezahlen schaut es auch etwas mau aus

[mutetella]

Hallo MarionF,

nur mal so auf die Schnelle:

Zuerst musst Du die Datei öffnen
Danach hast Du ein file-object, über das Du Zeile für Zeile des Inhaltes einlesen kannst
Jede eingelesene Zeile splittest Du in ihre einzelnen 'Elemente' (dazu zählt auch z. B. ein '92.160')
Über die Liste, die Du damit pro Zeile erhältst, iterierstDu dann und entscheidest dann pro Element, was Du damit machen möchtest.

Wie gesagt, so würde ich das jetzt auf den ersten Blick machen... wahrscheinlich geht's sogar noch viel einfacher!

mutetella

[Hyperion]

@Hyperion
ja solche Passagen gib es viele
normalerweise mindestens 10 Stück die jeweils eine einzelne Messung repräsentieren.
Jede der Passagen beginnt immer mit

Code: Alles auswählen

BEGIN Correlation0 10001

Ok, also ist ja alles drum herum irrelevant! Du musst ja dann nur noch nach Pärchen "float whitespace float suchen".

Hier mal mein Vorschlag:

Code: Alles auswählen

#!/usr/bin/env python
# coding: utf-8

import re
import sys
from collections import defaultdict

FLOATS = re.compile(r"\s*(?P<x>\d+\.\d+)\s*(?P<y>\d+\.\d+)")

def parse_data(filename):
    with open(filename) as infile:
        for line in infile:
            pattern = re.search(FLOATS, line)
            if pattern:
                yield map(float, pattern.groups())

def collect_results(iterable):
    result = defaultdict(list)
    for x, y in iterable:
        result[x].append(y)
    return result

if __name__ == "__main__":
    result = collect_results(parse_data(sys.argv[1]))
    print result

Es fehlt hier noch die Ausgabe in eine CSV-Datei; das kann man aber ja leicht nachrüsten.

[BlackJack]

@Hyperion: Halte ich nicht für robust genug. Wir wissen ja nicht was nach den Daten in den "mehreren Zeilen blabla" kommt. Ich würde also schon noch die Anfangs- und Endzeilen "BEGIN Correlation…" und "BEGIN FitParameters …" berücksichtigen.

[MarionF]

hier mal ein paar beispiele was in den Zeilen steht die ich mit bla bla bezeichnet hab:

Code: Alles auswählen

				AutoPrintMode = 0
				FitAverageType = 1
				FitOutlierTest = 0
				MeasureTime = 30.00 s

Code: Alles auswählen

				-999999999999999980000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 	
				-999999999999999980000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 	
			END

Code: Alles auswählen

					Chi = 0.003822639
					NumberCutSections = 0
				END
				BEGIN DesignFitParameters 10001
					CorrelationChannelA = 0
					CorrelationChannelB = 0

darüberhinaus gibt es in den Dateien auch immer noch andere Messdaten nach dem gleichen schema
"mehere tabs, x-wert, y-wert" diese daten brauche ich aber (momentan) nicht
aber die werden auch nicht mit

Code: Alles auswählen

BEGIN Correlation0 10001

eingeleitet

Wenn ihr wollt kann ich euch auch gern mal eine komplette Datei geben?
Vielen Dank für eure Hilfe
Gruß
Marion

[Hyperion]

@Hyperion: Halte ich nicht für robust genug. Wir wissen ja nicht was nach den Daten in den "mehreren Zeilen blabla" kommt. Ich würde also schon noch die Anfangs- und Endzeilen "BEGIN Correlation…" und "BEGIN FitParameters …" berücksichtigen.

Eigentlich hatte ich ja genau danach gefragt... aber augenscheinlich hat MarionF das nicht verstanden. Insofern hast Du natürlich recht und man sollte da einen Zustandsautomaten drum herum bauen.

[MarionF]

sorry ich versteh weder wie man nach float whitespace float sucht noch was ein Zustandsautomat sein soll.
Hab nochmal gegooglet und würde mir jetzt zutrauen eine datei zu öffnen, einzulesen (in was auch immer) und wieder aus zu geben. Aber wie ich dann zeilen suche und so -- keinen plan.

[Hyperion]

Naja, mein Code oben durchforstet jede Zeile der Datei danach, ob ein Muster "whitespace float float" vorliegt. Wenn ja, dann werden die gefundenen Zahlen in einen float-Wert umgewandelt und als Paar von x und y zurückgeliefert. Diese werden dann in der `collect_result`-Funktion in eine passende Datenstruktur abgelegt, wie Du sie Dir vorgestellt hast. Also ein X-Wert und beliebig viele Y-Werte.

Um nun nur in den von Dir eingegrenzten Bereichen zu suchen, muss man den Parser so erweitern, dass er weiß, ob eine Zeile innerhalb eines Blockes steht, in welchem man diese Wert-Paare extrahieren will. Da es nur einen Block gibt, kann man das mit einem Booleschen Wert realisieren:

Code: Alles auswählen

FLOATS = re.compile(r"\s*(\d+\.\d+)\s*(\d+\.\d+)")
START = re.compile(r"BEGIN Correlation0 10001")
STOP = re.compile(r"BEGIN FitParameters 10000")

def parse_data(filename):
    # In extract merken wir uns, ob wir gerade in einem Suchbereich sind
    extract = False
    with open(filename) as infile:
        for line in infile:
            # Nur in bestimmten Bereich nach Datenwerten suchen
            if extract:
                pattern = re.search(FLOATS, line)
                if pattern:
                    yield map(float, pattern.groups())
                # STOP-Zeile erreicht?
                elif re.search(STOP, line):
                    extract = False
            # Prüfen, on START-Zeile erreicht
            elif re.search(START, line):
                extract = True

Das ganze ungetestet, da ich grad nen System-Upgrade fahre und nur wenig Programme offen haben will

[MarionF]

hab deinen Code mal in eine .py datei geworfen und ausgeführt.. da bekomm ich diese Fehlermeldung:

Code: Alles auswählen

  File "C:\Users\Marion\Documents\Uni\Datenextrakt.py", line 18
SyntaxError: Non-ASCII character '\xfc' in file C:\Users\Marion\Documents\Uni\Da
tenextrakt.py on line 18, but no encoding declared; see http://www.python.org/pe
ps/pep-0263.html for details

Ich hab python2.7.1 64bit auf nem windows7 64bit

wie wähle ich denn aus welche Datei ich zum Extrahieren hernehmen möchte?

Danke für deine Hilfe

[Hyperion]

Hast Du die Datei auch komplett übernommen?

Code: Alles auswählen

# coding: utf-8

Sollte oben drin stehen! (Natürlich solltest Du die Datei auch in UTF-8 speichern - ohne BOM).

Du übergibst einfach den Dateinamen als Parameter.

Code: Alles auswählen

python parser.py file

[MarionF]

wahrscheinlich raff ichs einfach nicht. utf-8 zeug ist erledigt.
jetzt bekomm ich diese fehlermeldung
(die zu bearbeitende datei heißt 1.fcs und liegt im selben verzeichnis wie die .py datei):

Code: Alles auswählen

C:\Users\Marion\Documents\Uni>c:\Python27\python Datenextrakt.py 1.fcs
Traceback (most recent call last):
  File "Datenextrakt.py", line 2, in <module>
    FLOATS = re.compile(r"\s*(\d+\.\d+)\s*(\d+\.\d+)")
NameError: name 're' is not defined

[derdon]

Zeile 2 sollte

Code: Alles auswählen

import re

lauten.

[Hyperion]

wahrscheinlich raff ichs einfach nicht.

Ja, sieht so aus SCNR

Du musst mal genau lesen! Ich habe doch geschrieben, dass man die parse-Funktion aus diesem Script erweitern muss. Ich habe ergo in diesem Schnipsel nur den Teil gepostet, der sich geändert hat. Genau den musst Du entsprechend in das Gesamtscript einfügen.

[MarionF]

Wenn ich dich richtig verstehe sollte die .py datei jetzt so aussehen (?):

Code: Alles auswählen

#!/usr/bin/env python
# coding: utf-8

import re
import sys
from collections import defaultdict

FLOATS = re.compile(r"\s*(\d+\.\d+)\s*(\d+\.\d+)")
START = re.compile(r"BEGIN Correlation0 10001")
STOP = re.compile(r"BEGIN FitParameters 10001")

def parse_data(filename):
    # In extract merken wir uns, ob wir gerade in einem Suchbereich sind
    extract = False
    with open(filename) as infile:
        for line in infile:
            # Nur in bestimmten Bereich nach Datenwerten suchen
            if extract:
                pattern = re.search(FLOATS, line)
                if pattern:
                    yield map(float, pattern.groups())
                # STOP-Zeile erreicht?
                elif re.search(STOP, line):
                    extract = False
            # Prüfen, on START-Zeile erreicht
            elif re.search(START, line):
                extract = True

def collect_results(iterable):
    result = defaultdict(list)
    for x, y in iterable:
        result[x].append(y)
    return result

if __name__ == "__main__":
    result = collect_results(parse_data(sys.argv[1]))
    print result

mit dem Befehl C:\Users\Marion\Documents\Uni>c:\Python27\python neuerversuch.py 1.fcs
bekomm ich dann als antwort

Code: Alles auswählen

defaultdict(<type 'list'>, {4915.2: [0.9999251, 1.0001415, 1.0000772, 1.0000586,
 1.000235, 1.000098, 1.0002752, 1.0000605, 1.0001692, 1.0001342], 143.36: [1.001
651, 1.001424, 1.0014047, 1.0013111, 1.0018188, 1.0015906, 1.0013029, 1.0013049,
 1.001309, 1.0015037], 0.1: [1.1001912, 1.1036475, 1.1036573, 1.0998318, 1.10330
35, 1.1025331, 1.1014645, 1.1041974, 1.1010935, 1.1042445], 0.64: [1.0745203, 1.
0751366, 1.0769367, 1.0751496, 1.0764362, 1.0776314, 1.0773878, 1.0774246, 1.076
7165, 1.0776493], 13107.2: [0.9999738, 0.9999949, 1.0001489, 0.9999507, 1.000139
7, 1.0000875, 1.0001365, 0.9999583, 0.9999426, 1.0002545], 28.16: [1.009121, 1.0
087517, 1.0092787, 1.0087794, 1.0089192, 1.009189, 1.0089953, 1.008973, 1.00904,
 1.0092675], 7864.32: [1.0000768, 0.9999839, 0.9999662, 0.9999448, 0.999964, 1.0
002253, 1.0001418, 1.000003, 1.0000394, 1.0000856], 184.32: [1.0011363, 1.001041
1, 1.0012827, 1.0011615, 1.0012482, 1.0014047, 1.0012701, 1.0011809, 1.0009063,
1.001014], 1.92: [1.0566216, 1.0571748, 1.0568878, 1.0570711, 1.0582165, 1.05804
33, 1.0574965, 1.0572259, 1.0586036, 1.0581741], 40.96: [1.0060942, 1.0062815, 1
.0068706, 1.0061348, 1.006457, 1.0060267, 1.0059833, 1.0060544, 1.0058761, 1.006
3938], 33.28: [1.0078578, 1.0073187, 1.0078806, 1.0074525, 1.007656, 1.0076673,
1.0073284, 1.0074364, 1.0075763, 1.0081526], 9830.4: [0.9999119, 1.0001354, 1.00
00086, 0.9999703, 1.0000373, 1.0001178, 1.0002788, 0.9999641, 1.0001717, 0.99999
5], 286.72: [1.0006603, 1.0001133, 1.0008028, 1.0008592, 1.0005651, 1.0004071, 1
.0004486, 1.0005186, 1.0006215, 1.0004599], 0.12: [1.0966108, 1.0987417, 1.09896
03, 1.099996, 1.100877, 1.0955119, 1.1019165, 1.1010044, 1.1001169, 1.1011502],
4.16: [1.0402263, 1.0407293, 1.0409472, 1.0398303, 1.0405495, 1.0405455, 1.04049
55, 1.04119, 1.0412589, 1.0406012], 1.28: [1.0662377, 1.0649338, 1.0648313, 1.06
51988, 1.0651307, 1.0653036, 1.0650773, 1.0646642, 1.0653352, 1.0654477], 56.32:
 [1.0045218, 1.0044287, 1.0047355, 1.0039537, 1.0041249, 1.0046226, 1.0044298, 1
.0047016, 1.0042827, 1.0044187], 115343.36: [0.9998304, 0.9994755, 0.9999093, 1.
0005774, 1.0005165, 0.9995887, 1.0010832, 1.000263, 1.0000759, 1.000394], 0.24:
[1.0906969, 1.089555, 1.0945429, 1.0910128, 1.0932353, 1.0944099, 1.092652, 1.09
03901, 1.0914489, 1.0931786], 368.64: [1.0006592, 1.0003228, 1.0004051, 1.000793
2, 1.0003928, 1.0004474, 1.0003035, 1.0004527, 1.000446, 1.0003727], 7.04: [1.02
87981, 1.0292716, 1.029798, 1.0288005, 1.0295065, 1.0292382, 1.0288716, 1.028972
2, 1.0295962, 1.0295617], 314572.8: [1.0001574, 0.9979292, 0.9988996, 1.0014495,
 1.0010168, 1.0000371, 1.0002193, 1.0013344, 1.0009554, 0.9997515], 0.3: [1.0867
552, 1.0892356, 1.0902555, 1.0885138, 1.0910845, 1.0896796, 1.0886992, 1.0906984
, 1.0911337, 1.0898699], 573.44: [1.000147, 1.0003861, 1.0004121, 1.0003513, 1.0
005015, 1.000181, 1.0002161, 1.0001381, 1.0000657, 1.0004928], 545259.52: [0.999
2633, 0.9988458, 0.9965847, 0.9995492, 1.0017056, 0.9978219, 0.999555, 1.0000572
, 1.0000142, 1.000812], 0.4: [1.0811147, 1.081686, 1.0847918, 1.081702, 1.084927
7, 1.0843414, 1.0840667, 1.085099, 1.0829811, 1.0850238], 167772.16: [0.9995021,
 0.9992951, 0.9993494, 1.0005643, 1.0004796, 0.9997549, 1.0009667, 1.0000861, 1.
0005992, 1.0002343], 112.64: [1.0020158, 1.0019955, 1.0020648, 1.0020174, 1.0021
088, 1.001972, 1.0017187, 1.0018203, 1.0018927, 1.0021148], 335544.32: [1.000133
5, 0.99776, 0.9988451, 1.0017372, 1.0010315, 0.999681, 1.000193, 1.00167, 1.0007
72, 1.0001649], 0.48: [1.0810916, 1.081653, 1.0806221, 1.0802284, 1.0822435, 1.0
806696, 1.0791705, 1.0827954, 1.0834041, 1.0808422], 737.28: [1.0002869, 1.00020
52, 1.0001109, 1.0003716, 1.0003721, 1.000338, 0.9999919, 1.0002304, 1.0002912,
1.0002097], 39321.6: [0.999637, 0.9999204, 1.0000262, 0.9997933, 1.0001489, 1.00
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7, 1.0004241, 1.0002011, 1.0000677, 1.0001894, 1.0002319, 0.9999518, 1.0002669,
1.0001196], 46.08: [1.0055554, 1.0055371, 1.0060605, 1.0053912, 1.0054911, 1.005
1747, 1.0050324, 1.005401, 1.0055222, 1.0053635], 2.08: [1.0550385, 1.0552739, 1
.0562913, 1.05501, 1.0558527, 1.0554345, 1.0558149, 1.0550256, 1.0556533, 1.0568
648], 11796.48: [0.9999265, 1.0000042, 1.0000391, 0.9998682, 1.0001077, 1.000055
7, 1.0002477, 1.0000414, 0.9999609, 1.000159], 8.32: [1.0261774, 1.0263237, 1.02
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], 2457.6: [0.999956, 1.0001416, 1.0001743, 1.0000492, 1.0002312, 1.0001314, 1.0
001984, 0.9999554, 1.0001618, 1.0000942], 31457.28: [0.99981, 0.9999091, 1.00010
75, 0.9998111, 1.0001901, 0.9998921, 1.0004023, 0.9998216, 0.9999275, 1.0002892]
, 71.68: [1.0036207, 1.0031711, 1.0036675, 1.003049, 1.0032343, 1.0036507, 1.003
0491, 1.0032634, 1.0034399, 1.003448], 3276.8: [1.0000093, 1.0000167, 1.0000462,
 0.9999712, 1.000138, 1.0001999, 0.9999996, 1.000091, 1.0000823, 1.000131], 0.32
: [1.0846445, 1.0865762, 1.0887443, 1.0883218, 1.0859084, 1.0884206, 1.0850327,
1.0839956, 1.0884252, 1.0866127], 57671.68: [0.9995183, 0.9999833, 0.9998839, 1.
000164, 0.9998585, 0.9999772, 1.0006184, 0.9997588, 1.0001277, 1.0002304], 14.08
: [1.0170886, 1.0173728, 1.0173657, 1.0172079, 1.0168712, 1.017271, 1.0172735, 1
.0171362, 1.0170434, 1.0173379], 0.06: [1.1069526, 1.107554, 1.1055173, 1.105213
9, 1.1086775, 1.1091646, 1.1107935, 1.1074272, 1.1085322, 1.1079789], 92.16: [1.
0025615, 1.002379, 1.0028613, 1.0023797, 1.0027032, 1.0022524, 1.0023108, 1.0023
992, 1.0025463, 1.0027634], 461373.44: [0.9986853, 0.9994927, 0.9973485, 0.99917
28, 1.0016449, 0.9984029, 0.999401, 1.0000122, 0.9994618, 1.0013446], 0.2: [1.09
26175, 1.0910195, 1.0929486, 1.0949589, 1.0930653, 1.0909947, 1.0950889, 1.09410
07, 1.0955969, 1.0927386], 16.64: [1.0149151, 1.0145143, 1.015503, 1.0145951, 1.
0151178, 1.0150484, 1.0149023, 1.0144751, 1.0141427, 1.0153012], 3932.16: [0.999
9596, 1.0001574, 1.0002499, 1.0000957, 1.0000426, 1.00008, 1.0002622, 1.0000928,
 1.0001866, 1.0001559]})

in welcher Reihenfolge sind da jetzt die interessanten Daten drin?

die Datei mit den messdaten die ich dazu verwendet habe liegt gezippt hier: http://www.share.cx/files/637590766583/1.zip.html


ich würde das ergebin dann in eine Datei schreiben lassen.

mach ich das mit

Code: Alles auswählen

ausgabe = open("ergebnis.txt", "w")
ausgabe.write( result )
ausgabe.close()

?

oder bin ich da ganz auf dem Holzweg
Danke für die Geduld
Marion

[Hyperion]

Nee, so geht das nicht. Du musst die Daten noch ins CSV-Format wandeln. Hier mal mein Gesammtvorschlag. Einiges ist da wenig optimiert; z.B. könnte man sich die Umwandlung in floats sparen, da Du das ganze ja eh nur von einer Textdatei in eine andere wandeln willst. Nuja, ist kein besonders hübscher Code, aber imho funktioniert er so.

Mit dem Datensatz von Dir erhalte ich 192 X-Werte mit je 10 Y-Werten.

Die Reihenfolge der X-Werte in der Datenstruktur ist beliebig. Sollte die Reihenfolge eine Rolle spielen, muss man das auf ein OrderedDict umstellen. Ansonsten kannst Du es ja auch in der Tabellenverwaltung umsortieren.

[MarionF]

hey genial ... das funktioniert offenbar einwandfrei!
Vielen, vielen Dank!

Gruß
Marion


PS: jetzt noch ne ganz doofe Frage:
wenn ich da jetzt noch eine GUI drum rum basteln möchte in die ich einfach die Eingabe-Datei reinziehen kann und es kommt mir eine Datei "selbername.auswertung.txt" raus, ist das viel Aufwand?

[problembär]

wenn ich da jetzt noch eine GUI drum rum basteln möchte in die ich einfach die Eingabe-Datei reinziehen kann und es kommt mir eine Datei "selbername.auswertung.txt" raus, ist das viel Aufwand?

Ja.