Ok, welche der beiden Dateien ist denn das nun? Und wie hängen diese zusammen? Sorry aber Deine bisherigen Erklärungen sind zu wirr, um es zu kapieren, was da genau passiren soll!martina hat geschrieben:HAb es online gestellt,
hoffe du kannst darauf zugreifen?
http://paste.pocoo.org./show/108201/
Martina
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def sequence(f):
4 seq=""
5 f=open(f)
6 for line in f:
7 if ">" in line:
8 continue
9 print 'in sequence'
10 seq+=line.replace("\n","")
11 return seq
12
13 def domains(fname,seq):
14 output=open(fname+".fa",'w')
15 f=open(fname)
16 print output
17 for line in f:
18 if ">" in line:
19 continue
20 print 'in domains'
21 start=int(line.split()[0])
22 end=int(line.split()[1])
23 name=line.split()[2]
24 test=seq[(start)-1:end]
25 output.write(">"+name+"\n"+test+"\n")
26 return test
27
28 #main
29
30 x=os.listdir('.')
31
32 for f in x:
33 if f.endswith("fasta"):
34 seq=sequence(f)
35 fname=f.split('.')[0]
36 print"erstes",fname
37 for fname in x:
38 print "fname",fname
39 if fname.endswith(".xdom"):
40 print fname,"xdom"
41 test=domains(fname,seq)
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x=os.listdir('.')
60 for fname in x:
61 if fname.endswith("fasta"):
aber es gibt einen Fehler in Zeile 17 bei def get_sequence
er ist ja auch nicht perfekt kommentiertmartina hat geschrieben:Hi,
also wie gesagt,bin sehr dankbar für Deine Hilfe, muß aber nochmal nachfragen, da es mir etwas schwer fällt 'fremden' Code zu lesen.
Welchen denn?aber es gibt einen Fehler in Zeile 17 bei def get_sequence
Das deklariert den String nur als "unicode"-String. Mehr zu dieser Problematik findest Du hier in zig Threadszuerst würde mich interessieren, was das 'u' in der Klammer bedeutet?
Macht nichts - ich nutze sie auch nicht oft, aber manchmal sind sie eben hilfreich.Desweiteren habe ich die RegExps noch nie benutzt
Hm ... wo genau hapert es denn? Imho war das ja erst einmal nur das Finden aller ".fasta" Dateien und das Abarbeiten meines Codes in einer Schleife.Scheint als ob es doch nicht so einfach für mich ist,den Code noch zu vervollständigen
leider Code: Alles auswählen
from __future__ import with_statement
Code: Alles auswählen
x=os.listdir('.')
61 for fasta in x:
62 if fasta.endswith("fasta"):
63 print fasta
Nein, den lese ich doch aus der "fasta"-Datein den zeilen 32 & 33 aus! Evtl. passt der RegExp da nicht. ich würde mir mal an der Stelle angucken, wie der Dateiname da aussieht (print!) Ich hab mich beim RegExpr an Deinem Bsp. orientiert - da kann schnell was schief laufen, wenn da Zeichen drin stehen, die ich nicht matche.martina hat geschrieben: jedoch bekomme ich dann diesen Fehler. Werde nur nicht schlau aus der Namensvergabe.
Da Du in def get_sequence fname übergibts.Also muß ich den Filenamen vorher anpassen?
Also ist die erste Zeile in den "*.fasta" Dateien sinnlos? Ok, ich dachte darüber wird die Verbindung zur zugehörigen xdom-Datei gezogen! Wenn nicht, musst Du die am besten vor der get_domains() Funktion rausfinden und dieser dann einfach mit übergeben.martina hat geschrieben:Ah,ja nun hab ich es.
Also der Name,welcher gleich ist zwischen beiden Dateien steht nicht in der Datei,sondern ist der Dateiname-mein Fehler.
,geht ja nicht so schnell bei mir. Code: Alles auswählen
def get_domains(fname, xdom_fname):
with open(fname, "r") as data:
metas = data.read()
# Nun den Namen nehmen, der übergeben wird
seq = get_sequences(fname=xdom_fname)
# Sequenzen finden
seq_parts = []
for lines in re.findall(PARAMS, metas):
start, end, seq_name = lines.split()
seq_parts.append(seq[int(start): int(end)])
return seq_name, seq_parts
Da steht nicht, dass er es nicht kennt, sondern dass `split()` eine Sequenz mit 1 Wert erzeugt und du mehr Namen zum Binden vergibst als Werte zum Verteilen vorhanden sind. Python sagt dir normalerweise sehr genau was das Problem ist. Anstatt die Fehlermeldung umzudeuten, müsstest du vielmehr überlegen, warum hier nur 1 Wert übrig bleibt, obwohl du ja offenbar 3 Werte erwartest.martina hat geschrieben:Jetzt hab ich genau das gleiche Problem wie schon einmal zu Beginn mit meinen 'alten funktionen'
er kennt das line.split nicht:Code: Alles auswählen
ValueError: need more than 1 value to unpack
