Naja vielleicht wäre es übertrieben, alles mit regulären Ausdrücken zu machen. Zumindest aber könnte man auf jeden Fall eine Mischung aus Parsen und Regexes verwenden.
So richtig elegant finde ich es nicht, jede Zeile mit 100 if-Abfragen nach vorhandensein irgenwelcher Strings durchzugehen.
N ganz anderer Tipp: Es gibt eine API, die sich ums Parsen von Config-Files in dieser Art kümmert, namens Augeas
http://augeas.net/.
Sie ist in C geschrieben, aber es mittlerweile auch Python-Bindings dafür, die man dann schön als Modul in seinen Python-Code einbinden kann.
Unter Linux dürfte es nicht allzuschwer sein, sie zum Laufen zu bringen - hier bspw. der Link zur Debian-Seite:
http://packages.debian.org/de/sid/python/python-augeas. Unter Windows wäre der Aufwand allerdings etwas höher, dort könnte man die Libraries wahrscheinlich nur mit Hilfe von Cygwin kompilieren & verwenden.