acidk hat geschrieben:und jetzt weiß ich echt nicht mehr weiter
Sorry, aber Du zeigst immer noch Code der so nie funktioniert haben kann, bzw. den man als Außenstehender nicht einschätzen kann:
- Du vermischt immer noch Bio.PDB mit openbabel. Das mag ok sein, aber ich finde so wie Du es machst einfach nur verwirrend.
- Man weiß nicht wie die Funktionen aufgerufen werden. Das ist kein funktionierendes Minimalbeispiel.
- Auch hier gilt - wie im Kommentar von BlackJack im letzten Thread: Du könntest den Code wesentlich vereinfachen und ggf. die Funktion aufsplitten.
- Zeile 35 kann ich nicht ohne vorherige Info verstehen - sonst irgendjemand? Kannst Du es in einem Monat verstehen? Falls nicht, so empfiehlt sich die Logik einer solchen Zeile zu kommentieren.
- In Zeile 41 steht 'molecule' - aber das wurde vorher nicht definiert, wohl aber weiter unten erzeugt. Aber es wird nicht übergeben.
- In Zeile 42 wird einem Atom mit SetAtomicNum() eine 'color' zugewiesen. Abgesehen davon, das es seltsam klingt: Was ist 'color'? Das ist zwar definiert, aber nicht erklärt.
- projecting_smarts() ist eine Funktion mit insgesamt 23 lokalen "Variablen". Ich bin zwar selber nicht übermäßig streng in diesen Dingen: Aber da ist Refactoring in jedem Fall angebracht (s.o.).
- In plot_smarts() gibt es 'vector_list', aber es wird nicht verwendet. Geplottet wird Irgendwas.
- In Zeile 93 definierst Du 'isolated_ligand', der dann in Zeile 7 durch einen String überschrieben wird.
- Sind die runden Klammern in Zeile 93 wirklich nötig?
- In Zeile 96 weist Du 'plot_dry' plot_smarts(), einer Funktion ohne 'return'-Statement zu.
- Kennst Du
?
Insgesamt gibt es so viele Ungereimtheiten, daß ich mich frage, ob Du nicht erst mal den Code aufräumenen solltest, ehe wir über Bugs in den Libraries spekulieren.
Bitte schreibe ein funktionierendes Minimalbeispiel: Du darst voraussetzen, daß wir Zugang zu
RCSB haben. Die anderen Libraries habe ich ebenfalls installiert.
Gruß,
Christian
edit: Fehlerkorrektur im zweiten Punkt.