String zu Liste convertieren

[frcom]

Hallo an Alle,

Mein Problem ist wahrscheinlich recht einfach zu lösen:
Ich möchte in meinem Programm eine Nukleotidsequenz eingeben und in der Art in triplets unterteilen :
input: 'ATCGTG...'
output: ['ATC', 'TCG', 'CGT', 'GTG']

gibt es da in der list() -function eine Möglichkeit das leicht umzusetzen oder muss ich den Inputstring in eine Liste umwandeln und dann in einer while- oder for-schleife immer 3 Positionen wieder zusammenfügen?

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neu = []
for i in range(len(list(input))-2):
	codon = input[i]+[input[i+1]+input[i+2]
	neu.append(codon)

Danke für eure Hilfe!

[Bolitho]

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input = 'ATCGTGATC'
neu = []
for i in range(len(input)-2):   
    codon = input[i:i+3]              # Stringkette[0:2] -> Stringkette[2:4] usw.
    neu.append(codon)

print(neu)

[EyDu]

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zip(input, input[1:], input[2:])

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[input[i:i+3] for in in range(len(input) - 2)]

[Sirius3]

@Bolitho: die Überlappungen sind gewünscht. Du teilst den String in 3er-Päckchen.

@EyDu: bei Deiner zip-Lösung bekommst Du einen Iterator von Tuplen, für das gewünschte Ergebnis also:

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neu = [''.join(t) for t in zip(input, input[1:], input[2:])]

[Bolitho]

@Bolitho: die Überlappungen sind gewünscht. Du teilst den String in 3er-Päckchen.

Danke, hatte die Aufgabe falsch gelesen/verstanden. Ist korrigiert oben.

[EyDu]

@EyDu: bei Deiner zip-Lösung bekommst Du einen Iterator von Tuplen,

Eigentlich war ich nur zu faul ^^ In dem Fall könnte man auch einfach

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list(map("".join, zip(input, input[1:], input[2:])))

schreiben. Aber ob das schöner ist als eine LC? ^^

[noisefloor]

Hallo,

ich finde bei sowas eine Lösung mit `deque`auch immer schön:

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>>> from collections import deque
>>> data = 'ATCGTG'
>>> d = deque(maxlen=3)
>>> res = []
>>> for i in data:
...     d.append(i)
...     if len(d)==3:
...         res.append(''.join(d))
...
>>> res
['ATC', 'TCG', 'CGT', 'GTG']
>>>

Gruß, noisefloor

[frcom]

super, vielen Dank euch allen!

Bei mir hat sich nun die nächste Frage aufgetan:
Ich habe die entstandene Liste nun in einer Funktion nach dem Startcodon, bzw. dem string 'AUG' durchsucht und alle Triplets davor gelöscht. Das funktioniert auch prima, nur kenne ich ja nun den Start und brauche die Überlappungen nicht mehr. Sprich jeder 2. und 3. string in der Liste kann/soll gelöscht werden.
Habt ihr Tipps, wie ihr hier ansetzen würdet?

Danke schon mal,

frcom

[Sirius3]

@frcom: dann willst Du eigentlich was ganz anderes und die ursprüngliche Lösung Bolitho war doch ganz richtig.

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start = input.find(STARTCODON)
codons = [input[i : i+3] for i in range(start, len(input), 3)]

[frcom]

@sirius3: brauche ich nicht zum finden des Startcodons erst alle möglichen triplets? und ab dem Moment, ab dem ich die Position des Startcodons weiß nur noch in 3er schritten weiterführend?

und ansonsten brauche ich für andere Aufgaben, die das Programm erledigen soll (wie alignments erstellen etc.) sowieso alle möglichen Triplets...
gibts da die dann eine Möglichkeit oder muss ich je nachdem was ich nun genau mit der sequenz anstellen will unterschiedliche Funktionen durchlaufen?

[Sirius3]

Das Durcharbeiten eines Python-Tutorials würde helfen, solche und weitere Fragen beantworten.

[kbr]

@frcom: Das Startcodon könntest Du mit str.find ausfindig machen und dann mit der Zerlegung fortfahren. Python macht die Aufgabe einfach, automatisiert sie für Dich aber nicht. Mit den bisherigen Hinweisen müsstest Du das aber hinkriegen – grundlegende Pythonkenntnisse vorausgesetzt.

[frcom]

Okay alles klar! Habe es hinbekommen...
Danke euch allen!