hdf5 Datei manipulieren

[Ines]

hallo liebe Leute,

ich hätte eine Frage zu dern hdf5. dateien und zwar:
wenn man gar keine Ahnung hat, was in dem hdf5 File gibt (spricht groups oder datasets) und das erfahren möchte, wie geht das denn ?

Ich bin mir sicher, dass meine Matrix nicht leer ist aber diese Zeilen:

Code: Alles auswählen

Matrix = h5py.File(options.matrixFile, "r")
print(Matrix.values())
print(Matrix.keys())

ergeben
[]
[]

wie kann ich auf den Inhalt der hdf5 datei bitte zugreifen? ich komme einfach nicht weiter .
Danke sehr im Voraus

[BlackJack]

@Ines: Wenn da keine Inhalte sind können höchstens noch Metadaten im `attrs`-Attribut stecken. Aber ansonsten sieht das leer aus.

[MagBen]

Ich arbeite sehr viel mit hdf5.
Von Python aus greife ich mit PyTables auf hdf5 zu, damit würde Dein Code etwa so aussehen:

Code: Alles auswählen

import tables

h5_file = tables.open_file(options.matrixFile)
matrix = h5_file.root

for part in matrix:
    print part

Ich bin mir sicher, dass meine Matrix nicht leer ist aber diese Zeilen:
...
ergeben
[]
[]

In solchen Fällen schaue ich mit einem grafischen Tool in die hdf5 Datei rein:
https://support.hdfgroup.org/products/java/hdfview/