Problem mit skimage.segmentation.mark_boundaries

[metallissimus]

Hallo zusammen,

mein Bildanalyse-Projekt (hier mal ansatzweise erklärt) gedeiht ganz gut, jetzt stolpere ich über ein Problem mit o.g. Funktion. Vor ein paar Wochen funktionierte das wunderbar, dann hab ich an anderen Programmteilen gebastelt und dazu das Plotting auskommentiert, jetzt geht es irgendwie nicht mehr, ich krieg immer folgende Fehlermeldung:

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  File "/usr/local/Cellar/python/2.7.6/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/skimage/segmentation/boundaries.py", line 38, in mark_boundaries
    image[outer_boundaries != 0, :] = np.array(outline_color)
ValueError: array is not broadcastable to correct shape

Der dazugehörige Code und danach die Daten:

Code: Alles auswählen

from skimage.segmentation import mark_boundaries
import matplotlib.pyplot as plt

plt.figure(figsize=(18,9))

plt.subplot(131)
plt.imshow(image)
plt.axis('off')
plt.subplot(132)
plt.imshow(mark_boundaries(image, image_labels))
plt.axis('off')
plt.subplot(133)
plt.imshow(mark_boundaries(image, new_labels))
plt.axis('off')

plt.subplots_adjust(wspace=0.02, hspace=0.02, top=1, bottom=0, left=0, right=1)
plt.show()

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image =  [[[252 172  71 255]
  [255 172  74 255]
  [255 164  59 255]
  [250 148  51 255]
  [237 135  47 255]
  [236 138  48 255]
  [230 136  47 255]
  [233 136  47 255]
  [244 148  52 255]
  [246 152  55 255]
  [227 132  45 255]
  [181 100  33 255]]

 [[248 157  65 255]
  [254 162  78 255]
  [255 162  66 255]
  [255 161  58 255]
  [239 136  47 255]
  [223 126  43 255]
  [215 120  41 255]
  [235 136  47 255]
  [251 153  55 255]
  [254 161  60 255]
  [249 154  54 255]
  [209 117  40 255]]

 [[255 203  69 255]
  [254 209  73 255]
  [254 207  72 255]
  [255 197  68 255]
  [240 152  52 255]
  [221 121  42 255]
  [245 149  51 255]
  [254 166  63 255]
  [252 159  58 255]
  [254 162  62 255]
  [246 151  53 255]
  [211 117  39 255]]

 [[255 217  74 255]
  [255 219  74 255]
  [255 211  72 255]
  [255 199  68 255]
  [255 176  61 255]
  [252 153  53 255]
  [255 166  58 255]
  [255 172  66 255]
  [255 169  64 255]
  [255 173  76 255]
  [254 170  74 255]
  [227 136  47 255]]

 [[246 176  60 255]
  [237 156  54 255]
  [225 132  46 255]
  [227 125  44 255]
  [230 126  44 255]
  [246 147  51 255]
  [255 163  57 255]
  [255 171  68 255]
  [255 170  67 255]
  [255 169  68 255]
  [255 168  69 255]
  [244 151  52 255]]

 [[195 100  34 255]
  [200 101  34 255]
  [203 103  35 255]
  [202 104  36 255]
  [201 102  35 255]
  [216 117  40 255]
  [244 141  49 255]
  [250 153  55 255]
  [251 153  56 255]
  [251 156  53 255]
  [246 149  49 255]
  [226 133  46 255]]

 [[148  83  25 255]
  [171  92  30 255]
  [179  94  31 255]
  [185  96  32 255]
  [210 110  38 255]
  [216 116  40 255]
  [214 115  40 255]
  [233 126  43 255]
  [237 128  44 255]
  [238 133  46 255]
  [238 139  49 255]
  [216 124  42 255]]

 [[119  63  18 255]
  [140  73  22 255]
  [161  83  26 255]
  [181  93  31 255]
  [199 101  34 255]
  [227 119  42 255]
  [214 114  39 255]
  [232 128  45 255]
  [230 127  44 255]
  [223 122  42 255]
  [207 114  39 255]
  [182 101  33 255]]]

image_labels =  [[ 0  0 23 23 23 23  5  5  5  5  5  5]
 [ 0  0 23 23 23 23  5  5  5  5 11  5]
 [ 0  0 23 23  5  5  5 11 11 11 11  5]
 [ 0  0 23 23  5  5 11 11 11 11 11 11]
 [23 23 23 23 23  5 11 11 11 11 11 11]
 [23 23 23 23 23 23 23 11 11 11 11 11]
 [18 18 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23]
 [18 18 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23]]

new_labels =  [[ 0  0 23 23 23 23  5  5  5  5  5  5]
 [ 0  0 23 23 23 23  5  5  5  5 11  5]
 [ 0  0 23 23  5  5  5 11 11 11 11  5]
 [ 0  0 23 23  5  5 11 11 11 11 11 11]
 [23 23 23 23 23  5 11 11 11 11 11 11]
 [23 23 23 23 23 23 23 11 11 11 11 11]
 [18 18 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23]
 [18 18 23 23 23 23 23 23 23 23 23 23]]

[BlackJack]

@metallissimus: Wenn mal was funktioniert hat und dann nicht mehr funktioniert, sucht man am besten nach der Änderung die das Programm ”kaputt” gemacht hat. Am besten grenzt man die Revision per Intervallschachtelung ein. Die meisten Versionsverwaltungssysteme bieten dafür Unterstützung, entweder direkt eingebaut oder als Plugin.

[metallissimus]

@BlackJack Ich hab seit dem letzten erfolgreichen Anwenden des o.g. Codes eine umfangreiche Funktion implementiert. Wenn ich diese wieder entferne, erhalte ich trotzdem noch die gleiche Fehlermeldung.
Eine Versionsverwaltungssystem habe ich leider nicht.

Edit: Wäre es vielleicht zielführender, wenn ich meinen ganzen Code hier einstelle, statt des versuchten Minimalbeispiels? Oder ist das eher unerwünscht?

[metallissimus]

Also ich komm ohne Hilfe grad nicht weiter... V.a. versteh ich nicht, wie der Fehler überhaupt zustande kommt. "ValueError: array is not broadcastable to correct shape" heißt ja, wenn ich das richtig verstehe, dass ein array nicht die richtige Form hat. Mein (Verständnis-)Problem: Es handelt sich dabei um ein array, das in der skimage-eigenen Funktion mark_boundaries genutzt wird. Auf die hab ich aber ja nur insofern Einfluss, dass ich ihr Argumente übergebe. Die haben aber genau die in der Dokumentation vorgegebene Form. Wie kann es dann überhaupt zu einem Fehler kommen?

Edit: Wie heißt es so schön in dem oben gepinnten Thread:

Ich nicht. Bei mir ist meist erst 5 Minuten nach dem Post der Groschen gefallen. Aber ich bin ja schon alt. Ich darf das

Same here Mein image-array hat nicht die Form (M, N[, 3]), sondern (M, N[, 4]).