XML: Knoten finden

[finswimmer77]

Hallo,
ich habe folgendes XML-Dokument

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<eLinkResult>
	<LinkSet>
		<LinkSetDb>
			<DbTo>nuccore</DbTo>
			<LinkName>gene_nuccore_refseqgene</LinkName>
			<Link>
				<Id>262359905</Id>
			</Link>
		</LinkSetDb>
		<LinkSetDb>
			<DbTo>nuccore</DbTo>
			<LinkName>gene_nuccore_refseqrna</LinkName>
			<Link>
				<Id>237757283</Id>
			</Link>
			<Link>
				<Id>237681126</Id>
			</Link>
			<Link>
				<Id>237681124</Id>
			</Link>
			<Link>
				<Id>237681122</Id>
			</Link>
			<Link>
				<Id>237681120</Id>
			</Link>
			<Link>
				<Id>237681118</Id>
			</Link>
		</LinkSetDb>
	</LinkSet>
</eLinkResult>

Wie komme ich am besten an die Id in diesem Knoten heran?

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<LinkSetDb>
	<DbTo>nuccore</DbTo>
	<LinkName>gene_nuccore_refseqgene</LinkName>
	<Link>
		<Id>262359905</Id>
	</Link>
</LinkSetDb>

Ich muss quasi irgendwie die Knoten finden des Element LinkName den Wert "gene_nuccore_refseqgene" enthält und darin dann die entsprechende id.

Wer kann helfen?

fin swimmer

[bb1898]

Hallo,
ich habe folgendes XML-Dokument
...
Wie komme ich am besten an die Id in diesem Knoten heran?

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<LinkSetDb>
	<DbTo>nuccore</DbTo>
	<LinkName>gene_nuccore_refseqgene</LinkName>
	<Link>
		<Id>262359905</Id>
	</Link>
</LinkSetDb>

Ich muss quasi irgendwie die Knoten finden des Element LinkName den Wert "gene_nuccore_refseqgene" enthält und darin dann die entsprechende id.

Wer kann helfen?

Das Modul xml.etree.ElementTree in der Standardbibliothek. Ich weiß jetzt allerdings nicht genau, seit welcher Python-Version, und Du äußerst Dich Deinerseits auch nicht zu der Version, mit der Du arbeitest. Python 3.3 hat es jedenfalls, und ganz und gar brandneu ist es wohl nicht.

Die Beispiele in der Dokumentation sollten helfen.

[BlackJack]

Mit `lxml`:

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from lxml import etree


def main():
    root = etree.parse('test.xml')
    ids = root.xpath(
        'LinkSet/LinkSetDb/LinkName[text()=$link_name]/../Link/Id/text()',
        link_name='gene_nuccore_refseqgene'
    )
    print ids  # ['262359905']


if __name__ == '__main__':
    main()

[Sirius3]

Mit 'elementtree':

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import xml.etree.ElementTree as ET
xmldata = ET.parse('test.xml')
link_id = next(el.findtext('Link/Id')
    for el in xmldata.findall('LinkSet/LinkSetDb')
        if el.findtext('LinkName') == 'gene_nuccore_refseqgene')

[finswimmer77]

Vielen Dank für die zahlreichen Antworten.

Ich verwende Python 2.7. Ich habe mich jetzt für die elementtree Variante entschieden, da es keine extra Modulinstallation bedarf.

fin swimmer