Biopython: Echte Kopie erwünscht

[RedSharky]

Hallo!

Ich habe folgendes Problem. Mit Biopython möchte ich eine Baum-Struktur einlesen (Stammbaum). Der Baum wird, wenn man sich an die Biopython-Doku hält, als <class 'Bio.Phylo.Newick.Tree'> verfügbar gemacht. Das Problem ist nun, dass man davon keine unabhängige Kopie machen kann (#2). In #3 verändere ich den Baum; leider ist davon auch das Backup (#4) betroffen. Ich habe in #2 also nur so was wie einen Zeiger erzeugt und keine unabhänige Kopie. Weiß jemand Rat?

Danke!

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    from Bio import Phylo
    import sys
    
    #1 read tree with BioPython
    tree = Phylo.read(sys.argv[1], 'newick')    #<class 'Bio.Phylo.Newick.Tree'>
    
    #2 copy?
    backup = tree
    
    #3 modifications
    for clade in tree.find_clades():
        clade.name = "fubar"
    
    #4 problem: backup is fubar
    for clade in backup.find_clades():
        print clade.name              #'fubar'

[BlackJack]

@RedSharky: Falls der Datentyp keine Methode zum kopieren anbietet kann man `copy.deepcopy()` versuchen. Oder Du liest die Daten zweimal ein.

Eine einfache Zuweisung erstellt in Python keine Kopie, sondern bindet nur das *selbe* Objekt an einen anderen/weiteren Namen.

[RedSharky]

Danke für die schnelle Hilfe!

Mit copy.deepcopy() funktioniert es!!

Hmm, dieses Problem ist mir nie aufgefallen. Wahrscheinlich weil ich nur mir 'einfachen' Datenstrukturen arbeite, und das dort anders ist...

[cofi]

Wenn du mit "einfache" Datenstrukturen unveraenderliche wie Tupel, int, float, str oder unicode meinst: Dann ja.
Wenn du auch Listen dazuzaehlst ...

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In [1]: a = range(5)

In [2]: b = a

In [3]: b[1] = 42

In [4]: a, b
Out[4]: ([0, 42, 2, 3, 4], [0, 42, 2, 3, 4])

In [5]: a != b
Out[5]: False

Die Semantik ist _immer_ diesselbe, nur immutables verhalten sich scheinbar anders. Das liegt aber nicht an einer anderen Semantik, sondern schlicht daran, dass es nicht auffaellt, weil man sie nicht veraendern kann.

[RedSharky]

Danke!