Datei spaltenweise lesen

[pillmuncher]

Vielen Dank pillmuncher,

Gern geschehen.

Das hier allerdings ist nicht besonders:

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    for i in range(len(csvdata)):
        data1 =  csvdata[i][0] #first row, first col
        data2 = csvdata[i][3]

Lieber so:

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    for row in csvdata:
        data1 = row[0] #first row, first col
        data2 = row[3]

[Marie]

Danke pillmuncher,

ich habe mich eigentlich verschrieben der kommen lautet

first column

. ich wiil auf die erste Spalte zugereifen.

nun habe ich leider ein neues Problem.

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from numpy import *
from scipy.optimize import leastsq
from math import *
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np
import csv


data_mat = []
time_array = []
data_array =[]
with open('file.txt', 'rb') as csvfile:
    reader = csv.reader(csvfile, delimiter='\t')
    next(reader) #header-Zeile ignorieren
    csvdata = [
        [int(row[0])] + [float(value.replace(',', '.')) for value in row[1:]]
            for row in reader if row
    ]
    
for i in range(len(csvdata)):
    data1 =  csvdata[i][0] #first col
    data2 = csvdata[i][3]
    time_array.append(float(data1))
    data_array.append(float(data2))

y = data_array
x = time_array
A1_0=4
A2_0=3
k1_0=0.5
k2_0=0.04
n1_0=2
n2_0=1
pname = (['A1','A2','k1','k2','n1','n2'])
p0 = array([A1_0 , A2_0, k1_0, k2_0,n1_0,n2_0])
""" Data plotten"""
def plot(x, y):
    line, = plt.plot(x,y, lw=2)
    plt.show()
    
def residuals(p, y, x):
    err = y-peval(x,p)
    return err
def peval(x, p):
    return p[0]*(1-np.exp(-(p[2]*x)**p[4])) + p[1]*(1- np.exp(-(p[3]*(x))**p[5] ))

plsq = leastsq(residuals, p0, args=(y, x), maxfev=2000)

ich bekomme dann ein Fehelrmeldung, die so lautet:

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err = y-peval(x,p)
ValueError: shape mismatch: objects cannot be broadcast to a single shape

irgendweilche Vorschläger wie ich das lösen könnte?
Danke im Voraus
LG

[EyDu]

Die Fehlermeldung sagt aus, dass ``y`` und das Ergebnis von ``peveal(x, p)`` verschiedene Dimensionen haben. Lass dir beide Werte mal ausgeben, dann siehst du das Problem.

[Marie]

Danke EyDu für die Antwort,

ich glaube die Lösung ist einfach die beiden Array als numpy array auszugeben

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y = np.array(data_array)
x = np.array(time_array)

jetzt ist der Fehler verschwunden.
Danke für eure Tipps und Hilfe
LG

[gkuhl]

@Marie: Wenn du sowieso NumPy benutzt, bietet sich auch an dieses direkt zum Einlesen der Daten zu verwenden. Da du Kommas verwendest muss man leider noch einen Konverter definieren. Grundsätzlich würde ich es empfehlen immer einen Punkt zu verwenden.

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In [34]: import numpy as np

In [35]: def float2(s):
   ....:     return float(s.replace(',','.'))
   ....: 

In [36]: converters = {0: float2, 1: float2, 2: float2, 3: float2}

In [37]: data = np.loadtxt('test.dat', skiprows=1, converters=converters)

In [38]: data
Out[38]: 
array([[  12.    ,  200.9673,   14.4022,   11.9805],
       [   6.    ,   33.9673,   18.4022,   23.9805],
       [  24.    ,   72.9673,   32.4022,   44.9805],
       [  22.    ,   98.9673,   55.4022,   76.9805]])

Grüße
Gerrit

PS: Die *-Importe in deinem Code sind sehr gefährlich, weil Funktionen aus "numpy" von "math" Funktionen überschrieben werden. Die "math" Funktionen können allerdings nicht mit numpy arrays umgehen, wodurch du früher oder später "seltsame" Fehlermeldungen bekommst.

PPS: Sei dir bewusst das "y = data_array" keine Kopie von "data_array" an "y" gebunden wird!

[Marie]

Nun habe ich leider ein neuer Fehler drin:( ist mein Code eigentlich einiger maßen richtig?

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    return p[0]*(1-np.exp(-(p[2]*x)**p[4])) + p[1]*(1- np.exp(-(p[3]*(x))**p[5] ))
    TypeError: 'int' object is unsubscriptable

wisst ihr woran das liegt ?

[Marie]

PPS: Sei dir bewusst das "y = data_array" keine Kopie von "data_array" an "y" gebunden wird!

wie kann ich der Inhalt in einem anderen Array speichern?

schau hier ein Bsp von Python-Seite:

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t = numpy.array([67., 88, 104, 127, 138, 160, 169, 188, 196, 215, 240, 247, 271, 278, 303, 305, 321, 337, 353])

in meinem fall ist dann:

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y = np.array(data_array)

soll das nicht das gleiche sein?

[EyDu]

Du wendest [] auf einen Integer an. Lass dir doch einfach mal die Variablen ausgeben und frage nicht sofort wegen jeder Kleinigkeit nach.

[Marie]

EyDu wenn Du nicht antworten willst, dann antworte nicht. Vielleicht wollen andere mir helfen.

[pillmuncher]

@Marie: Debuggen must du schon selber. Wenn du wie wild versuchst irgendwelche Variablen zu indizieren und es nichtmal fertigbringst, selber ein paar print-Statements in deinen Code einzubauen um nachzusehen wo das Problem liegen könnte, dann wird uns hier auch sehr bald die Lust vergehen, dir zu helfen.