matplotlib und colormap

[maria_dolores]

Hallo zusammen,

ich möchte mithilfe von matplotlib einen Scatterplot plotten. Das klappt soweit auch schon ganz gut. Momentan haben alle Punkte die gleiche Farbe. Ich möchte nun eine der vorhandenen colormaps nutzen (die RdYlGn). Allerdings hab ich keine Ahnung wie ich die einbinden kann. Hier erst mal mein Beispiel:

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import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np

fig = plt.figure()
ax = fig.add_subplot(111)

N = len((1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15))
ind = np.arange(N)
ax.scatter(ind, (1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15), marker = 'o', color = 'darkred')
plt.xticks(ind,(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15) )
ax.set_xlabel('x-Achse')
ax.set_ylabel('Y-Achse')
ax.grid(False)
plt.show

In der Dokumentation steht, dass man mit

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from matplotlib.pyplot import colormaps

und dem Aufruf

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imshow ( x-Achse, cmap = cm.hot )

(hot ist hier eine solche colormap) zum Ziel kommen kann.

Ich hatte es jetzt so versucht:

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ax.scatter(ind, (1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15), marker = 'o', color = imshow((1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15), cmap = cm.hot))

versucht. Da kommt aber dann die Fehlermeldung

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TypeError: Invalid dimensions for image data

Hat jemand eine Idee wa sich falsch mache?

Gruß Isa

[gkuhl]

Hi,

schau mal die Dokumentation von "plt.scatter". Dort findest du die Antwort:

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    Keyword arguments:   
      *c*:
        a color. *c* can be a single color format string, or a
        sequence of color specifications of length *N*, or a
        sequence of *N* numbers to be mapped to colors using the
        *cmap* and *norm* specified via kwargs (see below). Note
        that *c* should not be a single numeric RGB or RGBA
        sequence because that is indistinguishable from an array
        of values to be colormapped.  *c* can be a 2-D array in
        which the rows are RGB or RGBA, however.

Grüße
Gerrit

[maria_dolores]

Hallo Gerrit.

erstmal danke für Deine Antwort. Ich habe da aber doch noch eine Frage.
Um ganz ehrlich zu sein, habe ich trotzdem nicht ganz verstanden, was genau ich falsch gemacht habe. Mit 'cmap' zu arbeiten scheint ja nicht ganz falsch zu sein. Was genau ist denn an meinem Aufruf der Colormap falsch?

------------------------Update-----------------------
Ich habe es gerade so gemacht:

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ax.scatter(ind, (1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15), marker = 'o', cmap = cm.RdYlGn)

Er meckert jetzt zwar nicht mehr, nachdem ich dann auch

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from matplotlib import cm

importiert habe. Allerdings setzt er die Colormap nicht um. Ich hab keine Ahnung, was ich falsch mache.

Gruß Isa

[maria_dolores]

Also ich denke, dass ich jetzt die Lösung gefunden habe und möchte sie mit euch teilen.

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fig = plt.figure()
ax = fig.add_subplot(111)
N = len(x_and_y_axis_content)
radius = np.arange(N)
area = radius
x_axis = radius
y_axis = area
cmap = plt.get_cmap('RdYlGn')
sc_plot = plt.scatter(x_axis, y_axis, marker = scatter_marker, c = radius, cmap = cmap )
ax.set_xlabel(x_axis_label)
ax.set_ylabel(y_axis_label)
ax.grid(False)
plt.colorbar()
plt.show()

Ich weiss nicht, ob das jetzt die schönste Lösung ist, aber es ist eine

[DaMutz]

Ich habe es gerade so gemacht:

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ax.scatter(ind, (1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15), marker = 'o', cmap = cm.RdYlGn)

das funktioniert nicht, weil du das 'c' Keywords vergessen hast, so geht es:

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ax.scatter(ind, (1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15), c=range(15), marker = 'o', cmap = cm.RdYlGn)

Noch etwas, du weisst schon dass, '(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15)' das selbe ist wie 'range(1,16)'?

[maria_dolores]

@ DaMutz: Danke, ich wusste das mit dem range noch nicht.

Ich habe jetzt nochmal eine Frage. Wenn ich bei einem Scatterplot eine Legende hinzufügen möchte, die aber nicht auf einer Colormap basiert, sondern auf Farben, die ich selbst definiert habe, wie kann ich die denn einfügen?

Hier mein Beispielcode:

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import matplotlib.pyplot as plt

x = range(-10,10)
y = range(-10,9)
leg = []
colors = ['#3E0000', '#660000', '#9D0000', '#DD0000', '#FF4A4A', '#FF8484', '#FFB3B3', '#FEFFF2', '#C6FEBC', '#95FE83', '#26EF03', '#1DB002', '#147E01', '0E5801', '#0A3A01', '#004000' ]

for i in x:
    if i in range(-10,-5):
        plt.scatter(x[i], y[i], marker = 'o', s = 150, c = colors[i-1])
    if i in range(-5,-3):
        plt.scatter(x[i], y[i], marker = 'o', s = 150, c = colors[i-1])
    if i in range(-3, 0):
        plt.scatter(x[i], y[i], marker = 'o', s = 150, c = colors[i-1])
    if i in range(0, 3):
        plt.scatter(x[i], y[i], marker = 'o', s = 150, c = colors[i-1])
    if i in range(3, 6):
        plt.scatter(x[i], y[i], marker = 'o', s = 150, c = colors[i-1])
    if i in range(6, 10):
        plt.scatter(x[i], y[i], marker = 'o', s = 150, c = colors[i-1])
    leg.append(colors[i-1])
    plt.legend(leg)
plt.show()

Die 'Legendenfarben' werden quasi doppelt und dreifach ausgegeben. Ich sehe meinen Fehler nicht.

Kann mir vielleicht jemand helfen oder einen Tipp geben?

Gruß
Isa

[DaMutz]

Hallo Isa

was ist den dein Ziel am Schluss? Bei deinem jetzigen Plot sagen doch die Farben nichts aus?

diese Zeile kannst du eleganter schreiben:

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if i in range(-10,-5):

nämlich so:

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if -10 <= i < -5:

[maria_dolores]

Hallo DaMutz,

sorry, dass ich jetzt erst antworte.
Mein Ziel ist es am Ende scatter zu haben, die je nach Wert eine andere Farbe haben. Soll also ein scatter geplottet werden, der zB den 'Wert' -8 hat, dann soll er die erste Farbe in der Liste der Farben bekommen. Hat ein Scatter den 'Wert' -4, dann bekommt er die zweite Farbe aus der Liste und so weiter. Und danke für die Info. Ich habe das mit dem range gleich umgeschrieben.

Grüßle Isa

[DaMutz]

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import matplotlib
import matplotlib.pyplot as plt
import random

fig = plt.figure()
ax = fig.add_subplot(111)
N = (10)

x = range(0,200)
y = [random.randint(-10, 10) for _ in x]

#~ cmap = matplotlib.colors.ListedColormap ( [[1, 0, 0], [0, 1, 0]])
cmap = matplotlib.colors.ListedColormap (['#3E0000', '#660000', '#9D0000', '#DD0000', '#FF4A4A', '#FF8484', '#FFB3B3'])

#~ norm = matplotlib.colors.BoundaryNorm([0], cmap.N)
norm = matplotlib.colors.BoundaryNorm([-5, -3, 0, 3, 6, 10], cmap.N)

ax.scatter(x, y, c=y, marker = 'o', cmap = cmap, norm=norm)
plt.show()

du musst eine Colormap und eine Norm definieren. Dann klappt das gut. In diesem Fall werden die Zahlen < -5 mit der 1. Farbe gezeichnet; die Zahlen zwischen -5 und -3 werden mit der 2. Farbe gezeichnet; usw.

Wenn du den auskommentierten Teil aktivierst, dann hast du die Grenze bei 0 und alles was grösser ist wird grün, was kleiner ist wird rot. Der 0 Punkt, da weiss ich nicht wie der wird. Aber das kannst du ja ausprobieren.

Hier ist noch ein weiteres Beispiel:
http://www.scipy.org/Cookbook/Matplotli ... oloredLine

[maria_dolores]

Das hat mir so sehr weitergeholfen. Vielen vielen Dank.

Grüßle
Isa