nun denn, gehts mal an etwas eher praktisch/technisches.
Folgendes:
Gegeben ist eine Textdatei mit einem Stück Gen-Sequenz wie z.B.:
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ACCGACGATGACAGCGATAGC
Nun will ich die Sequenz aus der Datei lesen und dazu das Komplement erzeugen, also zu jedem "A" ein "T", zu jedem "C" ein "G" und natürlich umgekehrt. Dazwischen sollen "Pipes" (|) als Verbindungsglied auf der Konsole angezeigt werden (was ich mit der Zeile...
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print len(sequence) * "|"
Mein Ansatz sieht dazu aus wie folgt:
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#!/usr/bin/env python
# -*- coding: utf-8 -*-
try:
data_obj = file("sequenz.dna", "r")
sequence = data_obj.readline()
sequence.strip()
if sequence.isupper():
print sequence
print len(sequence) * "|"
compl_sequence = ""
for i in sequence:
if i == "A":
compl_sequence += "T"
elif i == "C":
compl_sequence += "G"
elif i == "T":
compl_sequence += "A"
elif i == "G":
compl_sequence += "C"
print compl_sequence
else:
print "Sequenz ist falsch implementiert."
except:
dat_obj = None
print "Datei konnte nicht geoeffnet werden."
Das ganze soll nur als kleines "Skript" dienen und erstmal relativ minimalistisch aufgebaut sein.
Was haltet Ihr von meinem Ansatz?
Wo habe ich schlechten Code geschrieben?
Gruß
ne0h