kennt sich jemand mit BioPython aus? Hab da folgendes Problem:
Ich möchte den Inhalt von mehreren Dateien gleichzeitig bzw. mit einem Klick (soll über ein Button von Win.Forms gestartet werden) öffnen und mit dessen String-Inhalten operieren.
Leider erhalte ich folgendes Ergebnis :
>>>
asfs
ref|NT_011630.14|HsX_11787:c1015409-1012292
Seq('ATCCCCATCCCGTGGAGTGGCCGGCGACAAGATGGCAGCAGCGTGTCGGAGCGTGAAGGT ...', SingleLetterAlphabet())
3118
ref|NT_011630.14|HsX_11787:c1015409-1012292
Seq('ATCCCCATCCCGTGGAGTGGCCGGCGACAAGATGGCAGCAGCGTGTCGGAGCGTGAAGGT ...', SingleLetterAlphabet())
3118
ref|NT_011630.14|HsX_11787:c1015409-1012292
Seq('ATCCCCATCCCGTGGAGTGGCCGGCGACAAGATGGCAGCAGCGTGTCGGAGCGTGAAGGT ...', SingleLetterAlphabet())
3118
Traceback (most recent call last):
File "C:\Users\Anami\Desktop\Projekt Biopython Softwareentwicklung\Methoden\fastaread3", line 23, in <module>
fastaread()
File "C:\Users\Anami\Desktop\Projekt Biopython Softwareentwicklung\Methoden\fastaread3", line 16, in fastaread
handle = open(fliste)
IOError: [Errno 2] No such file or directory: ''
Mein Source Code lautet dabei :
Code: Alles auswählen
from Bio import SeqIO
def fastaread() :
eingabe = raw_input("asfs")
f = open("d:\\FastaFiles.txt")
entryf = f.readline()
fliste = entryf.split("_*_#_") # Erzeugt Liste mit den ausgewählten Pfaden für FASTA-Files
for i in range(0, len(fliste)):
sequenz = fliste[i]
handle = open(fliste[i])
for seq_record in SeqIO.parse(handle, "fasta"):
print seq_record.id
print seq_record.seq
print len(seq_record.seq)
fastaread()
jedes Item in der Liste ist übrigens ein Pfad für eine FASTA-Datei. z.B. d:\\dna.fasta
ich will alle dateien ueber die Pfadinformation in der Textdatei öffnen um dann hinter mit deren Inhalten untereinander operieren zu können.
Die Fasta Dateien beinhalten DNA-Sequenzen verschiedener Enzyme die ich untereinander vergleichen möchte über einen Algorithmus um den Verwandtschaftsgrad zu bestimmen. Gib es für das öffnen mehrere Dateien mehr zu beachten `? Die Ausgabe
IOError: [Errno 2] No such file or directory:
kapier ich nicht da die Txt Datei vorhanden ist und dessen inhalt auch Pfade enthält.
Vielen Dank im voraus bei dem der mir da weiterhelfen kann.