Hi@all,

nochmals VIELEN,VIELEN DANK für die ganze Hilfe von Euch.

Nun hab ich das Skript endlich zum Laufen bekommen und hab viel dazu gelernt.

IHR SEID SPITZE

Martina

Danke snafu,

so funktioniert es,jedoch kann ich komischerweise nicht auf das jeweilige xdom-elemnt nicht zugreifen.

ich habe ne schleife mit
if filename.endswith('fasta'):
diese wird auch ausgeführt, jedoch bekomme ich die dazugehörige xdom datei nicht geöffnet bzw bearbeitet :x

ich habe ...

Hi@ all,

ich wollte nun noch einmal Rückmeldung geben.
Soweit funktioniert snafu's Code für 2 Testbeispielen.
Jedoch habe ich nun diesen Code bzw mein ganzes Skript auf einen ganzen Ordner angwendet,wobei sich die Dateinamen teilweise nur durch Zahlen unterscheiden.
zb Klaus12.fasta ,Klaus11.fasta ...

Hi snafu,

vielen lieben Dank,das war genau das was ich gesucht habe.
Allerdings, sorry, aber versuche ich nun die ganze Zeit auf ein einzelnes Element eines Pärchen zurück zu greifen, dh zb Klaus.fasta in einer Funktion abarbeiten und die Ergbenisse davon dann in eine nächste Funktion übernehmen ...

Hi,

danke für die Info, lerne immer gern dazu. Und wie es schon heißt 'Nur aus Fehlern lernt man' :?

Naja deswegen wollte ich noch fragen, ob mir jemand bei der Erstellung einer Liste helfen kann.

Ich habe einen Ordner voll Dateien. Es gibt jeweils immer ein Pärchen von Dateien die zb Klaus ...

Jetzt hab ich genau das gleiche Problem wie schon einmal zu Beginn mit meinen 'alten funktionen'
er kennt das line.split nicht:

Traceback (most recent call last):
File "Hyp.py", line 95, in <module>
main()
File "Hyp.py", line 87, in main
seq_name,seq_parts = get_domains(fname,xdom_fname)
File ...

Jupp,ok hab ich mich doch nicht richtig ausgedrückt. :(

Also wie ich das so mit der Zeit sehe,muß ich das dann wohl noch ganz schön versuchen azupassen,da die ganzen RegExp ja auf die erste Zeile angesetzt sind-da Du verstanden hatest,daß dort die Gemeinsamkeit liegt und nicht im Dateinamen ...

Ah,ja nun hab ich es.
Also der Name,welcher gleich ist zwischen beiden Dateien steht nicht in der Datei,sondern ist der Dateiname-mein Fehler.

Hoffe ich kann was finden,wie man die RegExp auf den Dateiname anwendet.

Danke jedenfalls nochmal für die schnelle und super Hilfe.

Martina

Jupp genau,hattest Recht,danke.

Hab wie gesagt dies eingefügt in die def main:

x=os.listdir('.')
61 for fasta in x:
62 if fasta.endswith("fasta"):
63 print fasta

jedoch bekomme ich dann diesen Fehler. Werde nur nicht schlau aus der Namensvergabe.
Da Du in def get_sequence fname übergibts ...

Also wie vorher gepostet,hab ich nur den Dreizeiler eingefügt,mehr nicht.

Wenn ich versuche zu starten kommt folgender Fehler:

Hyp.py:17: Warning: 'with' will become a reserved keyword in Python 2.6
File "Hyp.py", line 17
with open(u"%s.xdom" % fname, "r") as data:
^
SyntaxError: invalid syntax ...

Hi,
also wie gesagt,bin sehr dankbar für Deine Hilfe, muß aber nochmal nachfragen, da es mir etwas schwer fällt 'fremden' Code zu lesen.

habe jetzt in die def main folgendes reingetan,
x=os.listdir('.')
60 for fname in x:
61 if fname.endswith("fasta"):

aber es gibt einen Fehler in Zeile 17 bei ...

Hi,

vielen Dank für die schnelle Antwort und Deine Mühen.

Werde es gleich mal ausprobieren

Nochmals vielen lieben Dank und schönen Abend noch
MArtina

Hi,
also da sich mein Code ein wenig verändert hat,poste ich ihn nochmal.
Hoffe ist nicht zuviel.

def sequence(f):
4 seq=""
5 f=open(f)
6 for line in f:
7 if ">" in line:
8 continue
9 print 'in sequence'
10 seq+=line.replace("\n","")
11 return seq
12
13 def domains(fname,seq):
14 ...

Ok, geb mir Mühe :)

ja genau die Sachen hattest du richtig verstanden.

Der Name der neuen Datei ist nicht willkürlich,sondern er hat die Endung des xdom-files+fa dh als Bsp Ory_cbl5._0.1.pfam.10.xdom._0.1.pfam.10. fa ist auch so im integriert Code und funktioniert. Ist vielleicht etwas verwirrend ...

Sorry,

also das was nach >Ory_cbl5_fasta wäre dann Datei Ory_cbl5.fasta in meinem Bsp.
alles was nach >Ory_cbl5_xdom steht wäre Datei Ory_cbl5._0.1.pfam.10.xdom
mit den anderen beiden Bsp genauso.

in meinem Code funktioniert es bis jetzt so.
Die zb Sequenz aus Ory_cbl5.fasta wird eingelesen und ...

HAb es online gestellt,
hoffe du kannst darauf zugreifen?

http://paste.pocoo.org./show/108201/

Martina

Hi,
habe meine Testdateien schon auf 2 begrenzt, um Fehler zu finden.

hatte das file überschrieben, da ich dachte man kann die gleiche Variable nicht doppelt verwenden?! ODer gilt dies nicht für file, da es fesgelegt ist bei Python das somit immer die jeweilige Datei gemeint ist? Dies wurde mir so ...

Hi @ all,

hier nochmals mein Code, den ich bis jetzt versucht habe zu ändern,jedoch treten noch folgende Probleme aus:

1.Es wird die Sequenz eingelesen, gespeichert. Auch anhand des xdom-files wird
start,end herausgesucht und mittels print kann ich mir diese ausgeben lassen,jedoch
werden die ...

Hi,

also habe noch weiter versucht den Fehler bzw die Fehler zu finden und dabei festgestellt dass ein Fehler im Skript war(wahrscheinlich nicht der einzigste) . :?

Noch einmal zu meinem Problem:

Ich habe mehrere Dateien mit der Endung fasta im Ordner sowie mehrere dazu passende Dateien mit der ...

Hi,

also habe noch weiter versucht den Fehler bzw die Fehler zu finden und dabei festgestellt dass ein Fehler im Skript war(wahrscheinlich nicht der einzigste) . :?

Noch einmal zu meinem Problem:

Ich habe mehrere Dateien mit der Endung fasta im Ordner sowie mehrere dazu passende Dateien mit der ...