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von mit
Dienstag 25. Mai 2021, 10:26
Forum: Webframeworks
Thema: Error finding Upload-Folder. Maybe it does not exist?
Antworten: 2
Zugriffe: 640

Re: Error finding Upload-Folder. Maybe it does not exist?

Ich habe `blast/db` in zwei verschiedenen Folder erstellt, aber ich bekomme immer noch dieselbe Fehler:

Code: Alles auswählen

$ docker-compose exec web /bin/bash
# pwd
/code
# mkdir -p blast/db
# mkdir -p i5k/blast/db 
von mit
Dienstag 25. Mai 2021, 08:03
Forum: Webframeworks
Thema: Error finding Upload-Folder. Maybe it does not exist?
Antworten: 2
Zugriffe: 640

Error finding Upload-Folder. Maybe it does not exist?

Hallo, Ich habe dieses Django Projekt gefunden: `git clone git clone https://github.com/NAL-i5K/django-blast.git` `$ cat requirements.txt` in this files the below dependencies had to be updated: - psycopg2==2.8.6 Dies ist mein Dockerfile: FROM python:2 ENV PYTHONUNBUFFERED=1 RUN apt-get update &...
von mit
Montag 24. Mai 2021, 14:32
Forum: Webframeworks
Thema: django.db.utils.OperationalError: could not connect to server: Connection refused
Antworten: 5
Zugriffe: 1730

Re: django.db.utils.OperationalError: could not connect to server: Connection refused

Die Loesung ist:

Code: Alles auswählen

$ vim i5k/settings.py
DATABASES = {
    'default': {
        'ENGINE': 'django.db.backends.postgresql_psycopg2',
        'NAME': 'postgres',
        'USER': 'postgres',
        'PASSWORD': 'postgres',
        'HOST': 'db',
        'PORT': '5432',
        }
}
von mit
Sonntag 23. Mai 2021, 11:47
Forum: Webframeworks
Thema: django.db.utils.OperationalError: could not connect to server: Connection refused
Antworten: 5
Zugriffe: 1730

Re: django.db.utils.OperationalError: could not connect to server: Connection refused

Ich habe dieses Projekt nicht programmiert aber ich möchte es gern benutzen. Ich verwende Docker selten. Postgres benutzt nicht das selbe Container als das Django Container. Deswegen kann ich localhost nicht verwenden.
von mit
Sonntag 23. Mai 2021, 04:31
Forum: Webframeworks
Thema: django.db.utils.OperationalError: could not connect to server: Connection refused
Antworten: 5
Zugriffe: 1730

django.db.utils.OperationalError: could not connect to server: Connection refused

Hallo, Ich habe I found a Django project and failed to get it running in Docker container in the following way: `git clone git clone https://github.com/NAL-i5K/django-blast.git` `$ cat requirements.txt` in this files the below dependencies had to be updated: - psycopg2==2.8.6 Dies ist mein Dockerfil...
von mit
Donnerstag 12. November 2020, 13:36
Forum: Allgemeine Fragen
Thema: Vergleich zwischen nested lists
Antworten: 0
Zugriffe: 977

Vergleich zwischen nested lists

I habe die foldgende Datei: gene.100079.0.5.p3 transcript:OIS96097 82.2 169 30 0 1 169 4 172 1.3e-75 283.1 84.9 gene.100079.0.3.p1 transcript:OIS96097 82.2 169 30 0 1 169 4 172 1.3e-75 283.1 84.9 gene.100079.0.0.p1 transcript:OIS96097 82.2 169 30 0 1 169 4 172 1.3e-75 283.1 86.7 gene.100080.0.3.p1 t...
von mit
Samstag 4. August 2018, 22:47
Forum: Webframeworks
Thema: cgi fuer python funktioniert nicht
Antworten: 3
Zugriffe: 1036

cgi fuer python funktioniert nicht

Hi, Ich habe diese Web Anwendung https://github.com/nthomasCUBE/RNASeqExpressionBrowser gefunden und ich habe diese installation Anleitung https://www.youtube.com/watch?v=rTFIUnZDca8 befolgt und versucht diesen service mithilfe von docker-compose zum laufen zu bringen, aber leider funktioniert es ni...
von mit
Dienstag 28. November 2017, 00:30
Forum: Allgemeine Fragen
Thema: Matrix erstellen
Antworten: 1
Zugriffe: 1653

Matrix erstellen

Hallo, Ich benötige eine Matrix die wie folgt definiert https://github.com/d3/d3-chord ist: Computes the chord layout for the specified square matrix of size n×n, where the matrix represents the directed flow amongst a network (a complete digraph) of n nodes. The given matrix must be an array of len...
von mit
Samstag 28. Oktober 2017, 21:42
Forum: Webframeworks
Thema: Json Datei erstellen
Antworten: 9
Zugriffe: 5409

Re: Json Datei erstellen

Ist es möglich die Zweite klammer `{` zu ersetzen mit `[` z.B. `[{"subject start":...` bekommt `[{"subject start":`?
von mit
Samstag 28. Oktober 2017, 13:10
Forum: Webframeworks
Thema: Json Datei erstellen
Antworten: 9
Zugriffe: 5409

Re: Json Datei erstellen

Leider bekomme ich folge Fehlermeldung: Traceback (most recent call last): File "/projects/circos/test.py", line 44, in <module> main() File "/projects/circos/test.py", line 40, in main print(json.dumps(list(read_data(io.StringIO(data.strip()))))) TypeError: initial_value must be...
von mit
Freitag 27. Oktober 2017, 15:54
Forum: Webframeworks
Thema: Json Datei erstellen
Antworten: 9
Zugriffe: 5409

Re: Json Datei erstellen

Diese Datenstruktur benötige ich für https://github.com/nicgirault/circosJS#chords . Ich bin mir immer noch nicht sicher wie dies Datenstruktur erhalte. Muss ich das json Modul importieren?
von mit
Freitag 27. Oktober 2017, 14:37
Forum: Webframeworks
Thema: Json Datei erstellen
Antworten: 9
Zugriffe: 5409

Json Datei erstellen

Hallo, Ich habe diese Datei: query | subject | query start | query end | subject start | Subject end Locus_1 | tig00007234 | 1 | 1054 | 140511 | 137383 Locus_1 | tig00007234 | 1 | 1057 | 77478 | 74353 ... und diese Methode liest die obere Datei ein: def read_relationship(filename): with open(filenam...
von mit
Mittwoch 29. Juli 2015, 10:43
Forum: Installation/Konfigurieren
Thema: missing mkvirtualenv und virtualenvwrapper.sh
Antworten: 1
Zugriffe: 1730

missing mkvirtualenv und virtualenvwrapper.sh

Hallo, ich habe virtualenvwrapper mit pip installiert $ pip install --user virtualenvwrapper Successfully installed argparse-1.3.0 pbr-1.3.0 stevedore-1.6.0 virtualenv-13.1.0 virtualenv-clone-0.2.6 virtualenvwrapper-4.6.0 Leider kann ich virtualenvwrapper.sh und mkvirtualenv nicht finden. Wie kann m...
von mit
Freitag 24. Oktober 2014, 12:01
Forum: Allgemeine Fragen
Thema: Konvertieren List to dict or json
Antworten: 25
Zugriffe: 5379

Re: Konvertieren List to dict or json

`parts` ist ein Generator von Listen, da `str.split` eine Liste zurueckgibt. Darum ist `part` auch eine Liste und kein String. Demnach brauchst du fuer `column` eine verschachtelte Generator Expression, zB column = (entry.strip() for part in parts for entry in part) Leider bekomme ich jetzt eine se...
von mit
Freitag 24. Oktober 2014, 01:22
Forum: Allgemeine Fragen
Thema: Konvertieren List to dict or json
Antworten: 25
Zugriffe: 5379

Re: Konvertieren List to dict or json

Danke fuer den Tipp. Ich habe generator verwendet, aber wenn man part.strip() benutzt, bekomme ich AttributeError: 'list' object has no attribute 'strip' . def main(): with open("/home/mic/tmp/test.txt") as f: parts = (line.split(',') for line in f) column = (part.strip() for part in parts...
von mit
Donnerstag 23. Oktober 2014, 15:02
Forum: Allgemeine Fragen
Thema: Konvertieren List to dict or json
Antworten: 25
Zugriffe: 5379

Re: Konvertieren List to dict or json

@BlackJack: Ich habe versucht die listen Inhalt in eine Datei gespeichert: Test, A, B01, 828288, 1, 7, C, 5 Test, A, B01, 828288, 1, 7, T, 6 Test, A, B01, 171878, 3, 7, C, 5 Test, A, B01, 171878, 3, 7, T, 6 Test, A, B01, 871963, 3, 9, A, 5 Test, A, B01, 871963, 3, 9, G, 6 Test, A, B01, 1932523, 1, 1...
von mit
Donnerstag 23. Oktober 2014, 11:51
Forum: Allgemeine Fragen
Thema: Konvertieren List to dict or json
Antworten: 25
Zugriffe: 5379

Re: Konvertieren List to dict or json

@ BlackJack: Danke für deine Lösung welche auch prima funktioniert, aber ich werde nicht in der Lage sein die ganze Datei im Speicher zu laden. Ich hoffe nur das viele Zeilen zusammen gefasst werden koennen so das die dict im Speicher passen. @Sirius3: nochmal die Grundlagen. Der Key darf nicht verä...
von mit
Donnerstag 23. Oktober 2014, 09:45
Forum: Allgemeine Fragen
Thema: Konvertieren List to dict or json
Antworten: 25
Zugriffe: 5379

Re: Konvertieren List to dict or json

Die Eingabe Daten sind sortiert wie in Beispiel gezeigt, aber die echten Daten sind in einer Datei gespeichert.
von mit
Donnerstag 23. Oktober 2014, 09:29
Forum: Allgemeine Fragen
Thema: Konvertieren List to dict or json
Antworten: 25
Zugriffe: 5379

Re: Konvertieren List to dict or json

@Sirius3: Habe den Code wie folgt verändert: from collections import namedtuple, defaultdict from pprint import pprint r = [["Test", "A", "B01", 828288, 1, 7, 'C', 4], ["Test", "A", "B01", 828288, 1, 7, 'C', 5], ["Test", "A&q...
von mit
Donnerstag 23. Oktober 2014, 06:11
Forum: Allgemeine Fragen
Thema: Konvertieren List to dict or json
Antworten: 25
Zugriffe: 5379

Re: Konvertieren List to dict or json

Ich bin ein wenig weiter mit dem Code gekommen: from collections import namedtuple, defaultdict from pprint import pprint r = [["Test", "A", "B01", 828288, 1, 7, 'C', 4], ["Test", "A", "B01", 828288, 1, 7, 'C', 5], ["Test", "...