Bei einem print column habe ich festgestellt, dass es mir fuer jede Zeile eine Liste ausgiebt, in der die leeren Zellen nicht mit enthalten sind, also ist die Fehlermeldung berechtigt, da dann natuerlich manchmal weniger Eintraege als 11 enthalten sind.

Aber was nun?
Wie kann ich jetzt die leeren ...

Vielen Dank fuer die Hilfe bisher.

Meine Datei besteht aus 11 Spalten getrennt durch Tabulator. Nun mach ich split('\t') trenne also zeilenweise den String am Tabulator auf. Warum kommt dann trotzdem noch die gleiche Fehlermeldung (list index out of range) an einer Stelle, wo eine leere Zelle ist???

Hallo an alle,
ich moechte gern aus einer Datei (in Form einer Tabelle) die leeren Zellen mit '0' belegen.

Folgendes habe ich mir uebrlegt:
inp = open('Suppl_Table_1.txt')
out = open('Suppl_Table_1_out1.txt','w')

for line in inp.readlines():
column = line.split()

if column[2] == ' ':
column[2 ...

Ich verstehe nur die Fehlermeldung nicht, es ist nach wie vor die selbe, auch bei dieser Aenderung

inp = open('sum_of_all_LLS')
header = inp.readline()
for line in inp:
data = line.split()
data[4] = int(data[4])
val =0
if data[4] > 1:
val +=1

print val


Ich moechte gern in der 5.Spalte meiner eingelesenen Datei alle die Werte zaehlen, die groesser "1" sind.
Es funktioniert jedoch nicht ...

Das Problem ist geloest, Danke

@Gerold: Beim Testen kam folgende Fehlermeldung

Traceback (most recent call last):
File "/home/cellnet/claudiak/bei/18.561.296 random interactions/100 50 1000/sum and count evidence.py", line 26, in <module>
val = int(inp_line.split()[3])
IndexError: list index out of range

Nicht schön, also mal lieber Schleifen angucken :wink:
Werd ich machen.


Zaehlt es aber in deinem Beispiel nicht alle Nullen die vorkommen, also auch die, fall ein Gleitkommazahl in der Spalte steht, die eine Null enthaelt?

Ich moechte aber nur wissen aus wieviel Werten, die >0 sind, die Summe ...

Ich habe 7 Dateien aus denen ich jeweils die 4.Spalte summiere und in einer neuen Datei, die in der 4.Spalte dann nur noch die Summe enthaelt, ausgebe.

inp0 = open('STRING_textmining.tab')header0 = inp0.readline()
inp1 = open('Ewing_Score nicht log trans1.LLS')
header1 = inp1.readline()
inp2 ...

oh, danke.

mittlerweile hatte ich es auch schon geloest, sorry also fuer deinen Aufwand.

inp0 = open('STRING_textmining.tab')
header0 = inp0.readline()
inp1 = open('Ewing_Score nicht log trans1.LLS')
header1 = inp1.readline()
inp2 = open('Rhodes_Score1.LLS')
header2 = inp2.readline()
inp3 = open('STRING_coexpression1.LLS')
header3 = inp3.readline()
inp4 = open('STRING_cooccurence1.LLS ...

ich habe versehentlich beim Erstellen eines Beitrages zweimal auf absenden geklickt, nun wollte ich den kompletten Beitrag loeschen, aber irgendwie scheint das nicht zu gehen.

Oder weiss jemand wie

Oh ja, natuerlich... linux

Ich habe zwei Dateien. Nun moechte ich eine Spalte einer Datei als x-Werte einlesen und

eine Spalte der anderen Datei als y-Werte einlesen.

Das ganze moechte ich dann grafisch abbilden.

Ich habe beides, sowohl matplotlib als auch gnuplot heruntergeladen. Doch hab ich nun noch

Probleme mit der ...

hatte das schon so verstanden wie es gemeint war, danke

aber hat denn niemnd ein Antwort auf meine letzte Frage?

Dann hab ich gleich noch eine Frage.

Wenn ich eine Spalte aus einer Datei als x-Werte nehme und eine Spalte aus einer anderen Datei als y-Werte nehme und diese grafisch ausgeben moechte, ist das nur moeglich wenn ich "matplotlib" installiert habe, oder gibt es da noch eine andere Moeglichkeit

inp = open('Ewing_Score nicht log trans.tab')
inp2 = open('Ewing_Score nicht log trans.LLS')
out = open('new_evidence.tab','w')

for line1, line2 in zip(inp, inp2):
cols1 = line1.split()
cols2 = line2.split
newline = "%s\t%s\t%s\t%s\n" % (cols1[0], cols1[1], cols1[2], cols2[3])
out.write ...

Wenn ich das so mache, wie von dir vorgeschlagen kommt folgende Fehlermeldung
Traceback (most recent call last):
File "/home/cellnet/claudiak/bei/18.561.296 random interactions/100 50 1000/make_evidence_from_LLS.py", line 8, in <module>
newline = '%s\t%s\t%s\t%s\n' % (cols1[0], cols1[1], cols1[2 ...

Kann ich nicht nur ueber Listen iterieren?

Muss ich dann die Dateien in Listen einlesen bevor ich darueber iteriere?

Ich habe ein wahrscheinlich sehr triviales Problem.

Ich habe zwei Dateien, die aus Spalten bestehen. Nun moechte ich aus Datei_1 die ersten 3 Spalten in eine neue Datei (Datei_neu) schreiben. Die vierte Spalte derDatei_neu soll die 4. Spalte der Datei_2 sein.


inp = open('Datei_1')
for line in ...