Ok. Habs schon selber Rausgefunden. Die Lösung ist PyCharm ; )

Also ich habe zweimal fast den gleichen Code. Im ersten wird die funktion mit dem input befehl zu erst aufgerufen, im 2. dannach.
Ich weiß nicht wieso aber beim ersten wird nicht darauf gewartet, dass ein Input kommt.


code 1:
# Beispielaufruf der Funktion(1)
folder_path = r"geheim"
read_nucleid ...