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von newbie_needs_help
Donnerstag 7. Dezember 2006, 08:28
Forum: Allgemeine Fragen
Thema: Syntax um den Workpath auszugeben
Antworten: 4
Zugriffe: 873

Danke für eure Antworten!

Der Befehl

Code: Alles auswählen

import os, sys
print os.path.abspath(sys.argv[0])
funzt wunderbar :)
von newbie_needs_help
Mittwoch 6. Dezember 2006, 16:15
Forum: Allgemeine Fragen
Thema: Syntax um den Workpath auszugeben
Antworten: 4
Zugriffe: 873

Syntax um den Workpath auszugeben

Hi, ich nutze für alle meine Programme/Scripte einen Programmkopf um mich im nachhinein besser zurecht zu finden. Der Header sieht wie folgt aus: def header(): import sys import datetime import time scriptname = sys.argv[0] sys.stderr.write ("## %s\n" % scriptname) print "##" pri...
von newbie_needs_help
Dienstag 5. Dezember 2006, 14:47
Forum: Datenbankprogrammierung mit Python
Thema: DB Abfrage mit psycopg: TypeError: not all arguments conv...
Antworten: 2
Zugriffe: 2455

habe den Fehler gefunden: es lag an dem SELECT statement: sql = "SELECT * FROM table WHERE entry = '%s'" for temp in TEST: cursor.execute(sql % temp) fragt mich nicht wie ich auf VALUES kam :) ...hat mich ewig gekostet den Fehler zu finden. Vielleicht habe ich es einfach in der Literatur b...
von newbie_needs_help
Dienstag 5. Dezember 2006, 12:16
Forum: Datenbankprogrammierung mit Python
Thema: DB Abfrage mit psycopg: TypeError: not all arguments conv...
Antworten: 2
Zugriffe: 2455

DB Abfrage mit psycopg: TypeError: not all arguments conv...

Hi, mein Problem sieht wie folgt aus: Ich will aus meiner Datenbank/Tabelle bestimmte Informationen lesen. Nach dem ich die Verbindung zur Datenbank hergestellt habe lese ich das SELECT statement in die Variable 'sql' ein: sql = "SELECT * FROM tabel WHERE entry = 'test'" cursor.execute(sql...
von newbie_needs_help
Freitag 10. November 2006, 13:44
Forum: Allgemeine Fragen
Thema: Mein Script - Euere Verbesserungsvorschläge/Kommentare
Antworten: 6
Zugriffe: 1021

Hi, habe deine nachricht eben erst gelesen.

ich habe es die besagte zeile bearbeitet
von newbie_needs_help
Dienstag 31. Oktober 2006, 11:05
Forum: Allgemeine Fragen
Thema: Mein Script - Euere Verbesserungsvorschläge/Kommentare
Antworten: 6
Zugriffe: 1021

vielen Dank für eure Hilfe!!
von newbie_needs_help
Donnerstag 26. Oktober 2006, 14:01
Forum: Allgemeine Fragen
Thema: Mein Script - Euere Verbesserungsvorschläge/Kommentare
Antworten: 6
Zugriffe: 1021

Mein Script - Euere Verbesserungsvorschläge/Kommentare

Hallo ihr da draußen! Meine kleine Vorgeschichte, ich komme aus der Bioinformatik und arbeite daher intensiv mit Datenbanken und Scripten. Die ganze Zeit nutzte ich Perl um meine Ideen umzusetzen, doch um mich nicht ganz in Perl fest zu beißen erlerne ich nebenbei Python. Falls ihr Zeit habt, dann s...
von newbie_needs_help
Mittwoch 25. Oktober 2006, 14:14
Forum: Allgemeine Fragen
Thema: Script töten
Antworten: 11
Zugriffe: 1369

Danke Rebecca,

du hast mir mit diesem winzigen Befehl das Leben sehr erleichtert!

;)
von newbie_needs_help
Mittwoch 25. Oktober 2006, 14:02
Forum: Allgemeine Fragen
Thema: Script töten
Antworten: 11
Zugriffe: 1369

Script töten

Hi, ich habe in sämtliche mir bekannten Python-Quellen nach einem Befehl durchsucht, der in einem Quellcode untergebracht werden kann und das laufende Script, an der Stelle wo er aufgerufen wird, abbrechen lässt. Toller Satz :) Beispiel: verbinde dich zu datenbank if verbindung == 'true': mach_was()...
von newbie_needs_help
Montag 16. Oktober 2006, 15:25
Forum: Allgemeine Fragen
Thema: mehrdimensionale Dictionaries
Antworten: 11
Zugriffe: 8525

danke für deinen Tipp,

dann werde ich mir noch mal das Kaptile zu den Mehtoden und Dictionary durchlesen und ich bin gespannt, ob ich damit besser fahre.


vielen Dank für eure Hilfe und Geduld!
von newbie_needs_help
Montag 16. Oktober 2006, 13:06
Forum: Allgemeine Fragen
Thema: mehrdimensionale Dictionaries
Antworten: 11
Zugriffe: 8525

nein, ich will nicht nur einfach die doppelten Einträge eliminieren (da hätte ich in der Tat distinct genügt). Ich hätte gerne für spätere Anwendungen im Script einen mehrdimensionales Dictionary auf das ich jeder Zeit mit Keys zugreifen kann. Wie müsste ich denn den Synthax definieren um ein Dictio...
von newbie_needs_help
Montag 16. Oktober 2006, 11:17
Forum: Allgemeine Fragen
Thema: mehrdimensionale Dictionaries
Antworten: 11
Zugriffe: 8525

jetzt tritt bei mir leider ein neues Problem auf. folgende Daten werde durch mein Select Statement aus meiner DB geliefert: geneA - promoter1 - forward - plus geneA - promtoer2 - forward - plus geneA - promoter3 - reverse - plus geneB - promoter1 - reverse - minus geneB - promoter1 - reverse - minus...
von newbie_needs_help
Montag 16. Oktober 2006, 10:41
Forum: Allgemeine Fragen
Thema: mehrdimensionale Dictionaries
Antworten: 11
Zugriffe: 8525

perfekt!!

Genau das habe ich gesucht!


Danke
von newbie_needs_help
Montag 16. Oktober 2006, 10:29
Forum: Allgemeine Fragen
Thema: mehrdimensionale Dictionaries
Antworten: 11
Zugriffe: 8525

hmm ich muss euch erneut belässtigen :) wenn ich mein Dic folgendermaßen umsetze: GENE_PROMOTER_DIRECTION_STRAND = {gene:{promoter:{direction:strand}}} gene, promoter, direction und strand sind Variablen die ich aus meine Datenbank lese for gene, promoter, direction, strand in cursor.fetchall(): GEN...
von newbie_needs_help
Montag 16. Oktober 2006, 10:15
Forum: Allgemeine Fragen
Thema: mehrdimensionale Dictionaries
Antworten: 11
Zugriffe: 8525

huhu danke!!

und ich habe gehofft, dass Python die 'doppelten' Dictionaries überschreibt. War mir auch fast sicher, aber man kann nie wissen :P

nochmals Danke!!
von newbie_needs_help
Montag 16. Oktober 2006, 08:40
Forum: Allgemeine Fragen
Thema: mehrdimensionale Dictionaries
Antworten: 11
Zugriffe: 8525

mehrdimensionale Dictionaries

Hi zusammen! Ich bin ein Neuling in Thema Python und bräuchte eure Hilfe in Sachen mehrdimensionale Dictionary. Mit Perl bin ich groß geworden, doch jetzt will ich auch in die Python Programmierung einsteigen. Doch zu Anfangs tut man da sich wie überall schwer. Meine Frage an euch lautet. Wie kann i...
von newbie_needs_help
Donnerstag 31. August 2006, 12:20
Forum: Allgemeine Fragen
Thema: Modul 're' und regular expressio
Antworten: 4
Zugriffe: 859

Hi aquila! Das mit dem Mehrfachpost war keine Absicht, der Proxy hat mal wieder gesponnen und so habe ich die Form zweimal submittet :( Sorry Deine Antwort hat mich sehr gefreut und es hat einen kleinen Moment gedauert bis ich durchgestiegen bin. Hehe was soll ich sagen bin ein 'native perler' der n...
von newbie_needs_help
Donnerstag 31. August 2006, 10:52
Forum: Allgemeine Fragen
Thema: Modul 're' und regular expressio
Antworten: 4
Zugriffe: 859

Modul 're' und regular expressio

Hi, ich bin ein Neuling was Python angeht und habe eine Frage. Ich habe ein HTML Document aus dem ich verschiedene Links auslesen möchte. Ein kleiner Auszug: </TR> <tr><th align=left>HRG</th> <td><A href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&term=liver+AND+HRG" TARGE...