Meine TAM Datei wurde mit dieser Änderung tatsächlich erstellt. Scheint also an dieser Kleinigkeit gelegen zu haben. Danke nochmal!

Wow, das ging flott. Danke, werde ich ausprobieren.

Hallo,

ich soll innerhalb eines Studienprojektes den Workflow eines anderen Projektes nachvollziehen. In einem Schritt kommt ein Python Skript zum Einsatz. Darin wird der Input und Output so angegeben:

infile = pysam.AlignmentFile("-", "rb")
outfile = pysam.AlignmentFile("-", "wh", template ...