Ich habe die Lösung gefunden sie ist hier "versteckt":
http://www.geany.org/Documentation/FAQ#QQuestions14

und zwar diese Zeile hat mir geholfen:
konsole --workdir . -e sh geany_run_script.sh

Willkommen im Forum,
ich selber habe mal Geany eine zeitlang verwendet aber habe es selber nicht mehr drauf.
Es wäre schon hilfreich wenn ein paar screenshots zu sehen sind oder deine Einstellungen, weil ich denke du musst auch dem Run Terminal sagen was er ausführen soll wie z.b. " python ' deine ...

Guten Tag,
dies ist mein erster Post und ich bin etwas verzweifelt, ich würde gerne den IDE Geany verwenden, soweit funktioniert auch alles ganz gut, nur wenn ich mein Script ausführen möchte wird einfach nur ein Terminal geöffnet und sonst passiert gar nichts.

Ich hoffe ihr könnt mir weiterhelfen.