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von Eugenie
Samstag 13. April 2013, 17:56
Forum: Allgemeine Fragen
Thema: String "filtern"
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Re: String "filtern"

So würde das auch gehen, ohne weitere Module.

Code: Alles auswählen

>>> s.split()[2::3]
['4392', '3489', '4930', '9320', '3920', '5910', '4954', '5499', '8939', '9212']
von Eugenie
Freitag 29. März 2013, 01:32
Forum: Codesnippets
Thema: Dateien blockweise lesen/parsen (Beispiel: fasta Datei)
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Zugriffe: 2794

Dateien blockweise lesen/parsen (Beispiel: fasta Datei)

Hallo,

ich habe mich schon öfter gefragt, wie man in Python Dateien blockweise anhand eines bestimmten Trennzeichens lesen kann. Heute Abend habe ich mich mal wieder mit fasta files rumschlagen müssen und nebenbei einen schönen Weg gefunden, wie man das mit itertools.groupby() erledigen kann. Der ...
von Eugenie
Samstag 9. Februar 2013, 00:11
Forum: Allgemeine Fragen
Thema: Primsuche optimierung
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Re: Primsuche optimierung

Na gut, hatte grad nix zu tun :mrgreen: Mit dem Sieb des Eratosthenes: ist auch mit reinem Python noch schnell genug, kann sicherlich noch verbessert werden, sollte aber für den Threadstarter reichen (Python 2.7)
import time
import math
import numpy as np

def versionNumpy(number):
start = time ...
von Eugenie
Freitag 8. Februar 2013, 22:52
Forum: Allgemeine Fragen
Thema: Primsuche optimierung
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Re: Primsuche optimierung

Für umfangreiche numerische Berechnungen lohnt sich auch numpy, das ist deutlich schneller als die Standardmöglichkeiten von Python.
von Eugenie
Sonntag 27. Januar 2013, 21:10
Forum: Allgemeine Fragen
Thema: sequence logo mit matplotlib
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Re: sequence logo mit matplotlib

Danke Sirius3, leider war dein Code noch etwas ungeeignet, da ich alles pixelgenau berechnen musste (oder ich hab irgendwas falsch verstanden an deinem Code). Jedenfalls hab ich das mittlerweile mit Tkinter und canvas sehr gut hingekriegt, siehe Bild :)
Trotzdem vielen Dank für eure Mühe.

http ...
von Eugenie
Sonntag 27. Januar 2013, 14:27
Forum: Allgemeine Fragen
Thema: sequence logo mit matplotlib
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Zugriffe: 2283

Re: sequence logo mit matplotlib

Hab ich schon gelesen, danke.
Das Problem ist, dass ich zwar Buchstaben an beliebiger Stelle plotten kann, aber ich kann sie nicht "verzerren", also z.B. die Breite festsetzen bei varierender Höhe. Mit den fontsize Einstellungen ändert sich immer beides gleichzeitig.
von Eugenie
Sonntag 27. Januar 2013, 12:45
Forum: Allgemeine Fragen
Thema: sequence logo mit matplotlib
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Zugriffe: 2283

sequence logo mit matplotlib

Hallo,

http://www.nature.com/nmeth/journal/v6/n4/images/nmeth.f.247-F3.jpg

ich kenne mich nur rudimentär mit matplotlib aus und habe spontan nichts gefunden, aber vielleicht kann mir von euch jemand helfen. Ich würde gern einen plot wie oben verlinkt erstellen, d.h. spaltenweise Buchstaben in ...